Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,646,064 | G→T | 9.1% | intergenic (‑25/+14) | PP_3212 ← / ← PP_3213 | Rieske 2Fe‑2S family protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,646,064 | 0 | G | T | 9.1% | 137.4 / 2.9 | 44 | intergenic (‑25/+14) | PP_3212/PP_3213 | Rieske 2Fe‑2S family protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/15); new base T (2/2); total (27/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
CTTCACCCAGCAGGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGAGCAGACCCGCCTCGACCATGAAGTCGCGG > NC_002947/3645937‑3646201 | cTTCACCCAGCAGGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCt < 1:671688/150‑1 (MQ=255) cagcagGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGAcc > 2:238935/1‑150 (MQ=255) agGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGgt > 2:31216/1‑128 (MQ=255) agGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGgt < 1:31216/128‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGc > 1:991753/1‑115 (MQ=255) tAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAgcg > 2:250459/1‑150 (MQ=255) aGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAgcgc > 2:202972/1‑150 (MQ=255) aGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATg > 2:519471/1‑84 (MQ=255) aGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATg < 1:519471/84‑1 (MQ=255) ggCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAg > 2:451365/1‑150 (MQ=255) 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gATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGAGCAGACCCGCCTCGACCATGAAg > 2:964957/1‑150 (MQ=255) tCAAAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGAGCAGACCCGCCTCGACCATGAAGTCGCgg > 2:689499/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGa > 2:116851/1‑109 (MQ=255) gCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGa < 1:116851/109‑1 (MQ=255) | CTTCACCCAGCAGGGTGAATGGCTTGGGGCCGTCTTCGAGGGCTGTCATAGGGAGCAGGGCATACCAGAAACGGCGCAATACAGGTTGTTTGGTAACCAACATAATCAGGATTCCTCACAGCGTTGAGCTTGTTATGGTGTTCAGCGGCTGCCGACCTGCTCGGCCTCAGGGAGTACCTTCAGGTCTTGCACAAAGCGCGTGGTGTAGGCGTTGCGCCAAGGTGCGTCGGGACCGAGCAGACCCGCCTCGACCATGAAGTCGCGG > NC_002947/3645937‑3646201 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |