Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,763,141 | C→T | 8.0% | A114V (GCG→GTG) | PP_3326 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,763,141 | 0 | C | T | 8.0% | 136.6 / 2.7 | 50 | A114V (GCG→GTG) | PP_3326 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/25); new base T (2/2); total (23/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
CCCGGTCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCAGGTAC > NC_002947/3762992‑3763290 | cccGGTCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGc > 2:253944/1‑150 (MQ=255) gTCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATc < 2:170732/150‑1 (MQ=255) gTCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATc < 2:1127068/150‑1 (MQ=255) tCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCg > 2:820607/1‑150 (MQ=255) cGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGaatccac < 2:638195/150‑7 (MQ=255) cGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCt < 1:253944/150‑1 (MQ=255) tGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCt > 2:391727/1‑150 (MQ=255) aTGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACa < 1:323163/150‑1 (MQ=255) tgctgcAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTgg < 1:363113/150‑1 (MQ=255) tgcAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTgg < 1:1001510/147‑1 (MQ=255) tgcAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTgg > 2:1001510/1‑147 (MQ=255) tgcAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGa > 1:251359/1‑150 (MQ=255) cAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGc > 2:1170643/1‑141 (MQ=255) cAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGc < 1:1170643/141‑1 (MQ=255) ccACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAACGGGGCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTAc < 2:43637/150‑1 (MQ=255) cTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCag > 1:691110/1‑150 (MQ=255) cccGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGTGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCgg > 1:1143508/1‑150 (MQ=255) cccGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGTGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCgg > 1:821345/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGt < 2:330215/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGt > 1:1274119/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTAc < 2:753034/140‑1 (MQ=255) cGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTAc > 1:753034/1‑140 (MQ=255) cGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTg > 1:842776/1‑150 (MQ=255) tGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACGGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACg < 1:359267/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTg < 2:691110/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGTGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTgg < 2:821345/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGTGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTgg < 2:1143508/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGCAACTgg > 2:966051/1‑150 (MQ=255) ctgGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACAtg < 1:1113682/150‑1 (MQ=255) ggACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACAtgct < 1:820607/150‑1 (MQ=255) cAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGAt > 1:796018/1‑108 (MQ=255) cAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGAt < 2:796018/108‑1 (MQ=255) gggCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTACCGAAACTGGACATGCTGCGTTTg > 1:236609/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGc > 2:201379/1‑150 (MQ=255) aGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTcccc > 1:1134295/1‑150 (MQ=255) aGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATCCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTGTGGCGATCGTTcccc < 2:990429/150‑1 (MQ=255) gcgcCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGaa < 1:893816/75‑1 (MQ=255) gcgcCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGaa > 2:893816/1‑75 (MQ=255) aaGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCct > 2:1127796/1‑150 (MQ=255) aaTGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATATACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGc > 2:888457/1‑150 (MQ=255) tCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACCGCTTGaa < 2:732174/55‑1 (MQ=255) tCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGaa > 1:732174/1‑55 (MQ=255) tCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCg > 2:356937/1‑150 (MQ=255) cAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCgg < 2:1134295/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGATCGCACCCATGTCGAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCggg > 1:1051733/1‑150 (MQ=255) ggATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAgg < 2:842776/150‑1 (MQ=255) gATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCCACCCCATCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGc < 1:391727/150‑1 (MQ=255) tCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCaa < 1:356937/150‑1 (MQ=255) cATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTg < 2:1274119/150‑1 (MQ=255) ggATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTTAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCa > 2:125668/1‑150 (MQ=255) ggATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCGGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCa < 1:201379/150‑1 (MQ=255) cGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCAGGTAc < 1:1127796/150‑1 (MQ=255) cGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCGGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCAGGTAc < 1:162829/150‑1 (MQ=255) | CCCGGTCACGGTCGAGCGCCTGGCGGATCATGCCGTGCTGCAACCACTTACCCCGCCTGCGGCACTTGCCGTGCTGCTGGACAACGGGCCTTGGTCACAGCGCCCGGACAAGCAATGGGTCAATCAGGATCGCACCCATGTCAAGGATGCGATCGCCTCCACCCACAGCTTGAAATACAGCCTGGCGATCTACCAGAGCGGTGCACGCCTGCCGAAACTGGACATGCTGCGTTTGGCGATCGTTCCCCTGAGCGACCCTCTGCAAGTCGGGCCAGGCAAGACGCTGGAAGTGCAGGTAC > NC_002947/3762992‑3763290 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |