| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,892,965 | T→G | 7.8% | H95Q (CAT→CAG) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,892,965 | 0 | T | G | 7.8% | 135.2 / 3.8 | 51 | H95Q (CAT→CAG) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/20); new base G (2/2); total (29/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
CTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTACC > NC_002947/3892818‑3893113 | cTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATgg > 2:1177201/1‑150 (MQ=255) tCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCATGCAGGGgcgcc > 1:652846/1‑149 (MQ=255) aTGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGc < 1:1177201/150‑1 (MQ=255) 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cGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCTATTGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCg < 1:1265255/150‑1 (MQ=255) ggCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTCCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCgg < 2:744992/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGAACTACTTGCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGAc > 2:1067238/1‑150 (MQ=255) tGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACg > 1:981095/1‑150 (MQ=255) gggggTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGAATCGTGTGACCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTACAAGGCGAGCGGCAGTGACCCCTGCAGACGGTAGCCGt > 1:542769/1‑150 (MQ=255) gCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGAcc > 1:271871/1‑94 (MQ=255) gCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGAcc < 2:271871/94‑1 (MQ=255) ctatgGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGcgcc > 1:1285306/4‑150 (MQ=255) tgtgGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATTGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGcgccg > 2:284552/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACt > 1:1205742/1‑150 (MQ=255) ctctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTg > 1:710906/1‑150 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg > 1:1022791/1‑150 (MQ=255) tctGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTgg > 2:1249567/1‑150 (MQ=255) aggctgcgcCCATGCAGGGGCGCCGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTggg > 2:1175340/6‑145 (MQ=255) aggctgcgcCCATGCAGGGGCGCCGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTggg < 1:1175340/140‑1 (MQ=255) tGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGc > 2:937106/1‑150 (MQ=255) gcgcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGTCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCAc < 2:641585/150‑1 (MQ=255) cgcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACg < 2:1285306/150‑1 (MQ=255) gcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGa > 2:612203/1‑150 (MQ=255) gcCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGa > 1:930567/1‑150 (MQ=255) ccccTGCATGGGAGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAg < 1:95351/150‑1 (MQ=255) cccTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGc > 1:1080182/1‑150 (MQ=255) aTGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTAcc > 2:1056753/1‑150 (MQ=255) | CTTGTTCATGCTTGTCTCGAAAGACTGGAAGCGGGTGGGCGAACTGATGGGCCGGGTAAAACGCACGCCGGTGCTGTTGCTCGGCATGGTCGGCACGTCCTGGCTGATGGGGGTGCAACTGTGGCTGTTTCTCTGGGCGCCCCTGCATGGGCGCAGCCTGGAAGTGTCGATGGGTTACTTCCTGCTGCCACTGGCCATGGTCCTGACCGGGCGGCTGGTATATGGCGAGCGGCTGTCACGCCTGCAGACGGTAGCCGTGGCCTGCGCCGCACTGGGCGTGGGCCACGAGCTGTACC > NC_002947/3892818‑3893113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |