| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,980,198 | T→A | 7.0% | Q159H (CAA→CAT) | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,980,198 | 0 | T | A | 7.0% | 169.6 / 2.7 | 57 | Q159H (CAA→CAT) | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/23); new base A (2/2); total (32/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
ACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAG > NC_002947/3980051‑3980347 | tctgTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTCCCAGTCCTCGATTGTCGCGCTGCCCTTGCCGGGGTGATAGACCGCTTTACGCGTCAAGCTGTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtg < 1:988954/147‑1 (MQ=255) gTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggct < 2:988658/150‑1 (MQ=255) tAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggctg < 2:386033/150‑1 (MQ=255) tAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggaga > 2:988954/1‑147 (MQ=255) gAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggctggc > 2:202265/1‑150 (MQ=255) aCAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCa < 1:485783/150‑1 (MQ=255) gTGCCACTGGCTGCTCGGGTTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGa < 2:652505/150‑1 (MQ=255) gTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCAAtggctgggc < 2:244446/140‑3 (MQ=255) gTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCAAtggctgggc > 1:244446/1‑138 (MQ=255) ccACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTGGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACa > 2:687144/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGtt > 2:800839/1‑150 (MQ=255) ctCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGc > 2:181052/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGcc > 2:664876/1‑149 (MQ=255) 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tCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTaa < 1:225061/150‑1 (MQ=255) tCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTaa > 1:236256/1‑150 (MQ=255) cGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAAt < 1:181052/150‑1 (MQ=255) gAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATg < 1:202265/150‑1 (MQ=255) tCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCaaa < 1:800839/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGc > 1:769030/1‑150 (MQ=255) cTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGc < 2:236256/150‑1 (MQ=255) tGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCt > 2:1163682/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTgcc < 2:257577/117‑1 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTgcc > 1:257577/1‑117 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTg < 1:715368/115‑1 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTg > 2:715368/1‑115 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGc > 2:22345/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGc < 2:488397/150‑1 (MQ=255) gggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCa > 2:143436/1‑150 (MQ=255) ggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGt < 2:1242936/90‑1 (MQ=255) ggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGt > 1:1242936/1‑90 (MQ=255) tGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACcg > 1:285607/1‑150 (MQ=255) tAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCgg < 1:687144/150‑1 (MQ=255) tAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCgg > 2:611051/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTg < 2:573956/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTgg > 1:289666/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGt > 1:218357/1‑150 (MQ=255) aaaGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTc < 2:218357/150‑1 (MQ=255) aaGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCa < 2:289666/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTGGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAg > 1:815427/1‑150 (MQ=255) gCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCtccgggt > 1:38084/1‑150 (MQ=255) cccAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGt > 2:135928/1‑120 (MQ=255) cccAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGt < 1:135928/120‑1 (MQ=255) cccAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGc < 1:143436/150‑1 (MQ=255) ccAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCg > 2:1068139/1‑150 (MQ=255) cAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCgg > 2:499463/1‑150 (MQ=255) aGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGt > 1:376487/1‑150 (MQ=255) aTAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTTGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTTGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATc > 2:380067/1‑150 (MQ=255) ctggccAGCCAATGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGc > 2:199651/5‑150 (MQ=255) gccAGCCAATGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCAcc < 1:199651/149‑1 (MQ=255) ccAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAAGAGGTTGATGGCGTTGAACATCGCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAGGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCGGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCa > 1:996414/1‑150 (MQ=255) ccAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGCGGAACAGGTTGGTGGCGTTGGCCTTGCCGCCCCGGCGAAGGTAACGCCAAAGGCGCTCGGCCATCTCACCGCCGGCTTGGCCCAGGCTGCGTAGCTTCGGGTCAGGGCGGTCTTCACCCCGCAcgt > 2:199894/1‑148 (MQ=255) aGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGc < 2:330961/130‑1 (MQ=255) aGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGc > 1:330961/1‑130 (MQ=255) ttGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAg < 2:372985/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAg > 1:372985/1‑150 (MQ=255) | ACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAG > NC_002947/3980051‑3980347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |