| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,150,676 | C→A | 12.9% | L79M (CTG→ATG) | PP_3655 → | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,150,676 | 0 | C | A | 12.9% | 80.8 / 2.6 | 31 | L79M (CTG→ATG) | PP_3655 | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/11); new base A (2/2); total (18/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
ACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGCCGCGCCCAGTTCGGCACCCTCGGCGCGCTGCTGGTGGTGGTGATCGCCGGCGTCATGTACATCGGTTTCTTCGCTTCCAACATCGTCCTTGCCGGCAAG > NC_002947/4150540‑4150825 | acTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGccc < 1:1139617/137‑1 (MQ=255)acTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGccc > 2:1139617/1‑137 (MQ=255) ctctGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAg < 2:191861/150‑1 (MQ=255) tctGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAgg > 1:502421/1‑150 (MQ=255) tctGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTGGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGATGATGGCCCTGCACTCGGCCCAgg > 1:493120/1‑150 (MQ=255) tGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGc < 2:1255202/150‑1 (MQ=255) gcggcAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCaaa > 1:843410/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTc > 2:1258678/1‑150 (MQ=255) cccATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATc < 1:1258678/150‑1 (MQ=255) 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ACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGCCGCGCCCAGTTCGGCACCCTCGGCGCGCTGCTGGTGGTGGTGATCGCCGGCGTCATGTACATCGGTTTCTTCGCTTCCAACATCGTCCTTGCCGGCAAG > NC_002947/4150540‑4150825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |