Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,271,854 | T→C | 8.6% | T206A (ACG→GCG) | PP_3742 ← | glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,271,854 | 0 | T | C | 8.6% | 154.5 / 4.6 | 59 | T206A (ACG→GCG) | PP_3742 | glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/29); new base C (2/3); total (26/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 |
GTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGT > NC_002947/4271711‑4272001 | gTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCgg > 2:837074/1‑150 (MQ=255) tggatgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCATc < 1:272850/150‑1 (MQ=255) atgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGc < 1:92458/150‑1 (MQ=255) atgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGc < 2:8239/150‑1 (MQ=255) atgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGCCTCCCGTGCGCGCcagcagg < 2:1013756/150‑2 (MQ=255) aTCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATAc > 1:322644/1‑150 (MQ=255) ctgctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACgg < 1:114989/150‑1 (MQ=255) gctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGgt > 1:111631/1‑150 (MQ=255) gACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCAt < 1:625995/132‑1 (MQ=255) gACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCAt > 2:625995/1‑132 (MQ=255) aaGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCAcccc > 2:356251/1‑150 (MQ=255) aGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCAt < 2:948507/132‑1 (MQ=255) aGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCAt > 1:948507/1‑132 (MQ=255) aGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCAt > 2:241110/1‑124 (MQ=255) aGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCAt < 1:241110/124‑1 (MQ=255) aCCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGt > 1:875267/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCt < 1:626063/123‑1 (MQ=255) ccTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCt > 2:626063/1‑123 (MQ=255) gAAGGCGGAGTATGGGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGGCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCt < 2:576610/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTgcgc > 2:1025706/1‑110 (MQ=255) gAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTgcgc < 1:1025706/110‑1 (MQ=255) gAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCt < 2:676498/150‑1 (MQ=255) aGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTGTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCGTACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTgg < 2:212439/150‑1 (MQ=255) gCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGa > 2:1051998/1‑150 (MQ=255) ggAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTCTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGc > 2:1145645/1‑150 (MQ=255) aGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCgg < 1:837074/150‑1 (MQ=255) ttagccgggcggCGCACCCACTCCGCGTGTGATGACCACGTTCTTCGGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTATTCGGCTGGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCggg < 1:1248810/145‑1 (MQ=255) gTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCggg < 2:875267/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGcgt > 2:559672/1‑148 (MQ=255) aCCCGCTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCTGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGa > 1:1073558/1‑150 (MQ=255) cccACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGAt < 1:356251/150‑1 (MQ=255) ccACTCGGGGTTTGCCACACACGTGATTTCGCCGTGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGAtg > 2:117674/1‑150 (MQ=255) ccACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGAtg > 2:1213450/1‑150 (MQ=255) aCTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGAtgtg > 2:749133/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCg > 2:833825/1‑150 (MQ=255) cGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGt < 1:1213450/150‑1 (MQ=255) ggggTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTg > 1:490290/1‑150 (MQ=255) tgCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACt < 2:111631/150‑1 (MQ=255) acacGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAAc < 1:559672/150‑1 (MQ=255) acGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACgg < 1:833825/150‑1 (MQ=255) gTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCGACCCCGGCAGCGCCTGGATGAGGGCTTTCCACGCCCCGATGTGCGTGAACACGGCCAACggaa > 1:231667/1‑148 (MQ=255) tttCGCCGGGCCGCTGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATAcc > 1:372883/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGAGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATAcc > 1:5507/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCg < 1:914361/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGCATGACTGGGTTGGCCGGGCTCGGCATCAGCTCATACGGCTATTTGCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt < 1:926741/150‑1 (MQ=255) ccgccgTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTcc > 2:1247657/1‑150 (MQ=255) cgTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCa < 1:1171485/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAaca < 1:1173739/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTGTGCCGGGAATGGGTCAGTAGGTCGTGCGCGGAAACAGCTCACACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACTCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAaca < 1:595734/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt > 2:1069056/1‑132 (MQ=255) ccGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt < 1:1069056/132‑1 (MQ=255) ggTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACAt < 1:1051998/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCgg < 1:117674/150‑1 (MQ=255) aaTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCg < 2:464174/115‑1 (MQ=255) aaTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCg > 1:464174/1‑115 (MQ=255) aGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCgg < 2:322644/150‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGc < 1:462258/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCGCGGCATCAGGTAAGACATGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCTCGGATGTATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATg < 1:921793/150‑1 (MQ=255) cGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGt > 2:866838/1‑150 (MQ=255) | GTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGT > NC_002947/4271711‑4272001 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |