| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,282,402 | C→T | 10.4% | R291Q (CGG→CAG) | PP_3753 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,282,402 | 0 | C | T | 10.4% | 154.3 / 8.3 | 58 | R291Q (CGG→CAG) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/28); new base T (4/2); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
TACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAAT > NC_002947/4282253‑4282548 | tACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGcc > 1:294209/1‑150 (MQ=255) gAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAg > 1:397865/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCa > 2:883167/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCAt < 2:130559/150‑1 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATg > 1:1272292/1‑150 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATg < 1:907187/150‑1 (MQ=255) gACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCg < 2:1249140/150‑1 (MQ=255) ccGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATc < 2:1001616/150‑1 (MQ=255) aGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGa < 1:759554/150‑1 (MQ=255) ccGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCTCCCGGTTCCGGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCGCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc < 2:304083/150‑1 (MQ=255) ccGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTGGATCTGCTGGTACGAACGc > 2:844064/1‑150 (MQ=255) ccGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCAGCTCGAAGTCGATGTCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc < 1:543912/150‑1 (MQ=255) cACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTcc > 1:759241/1‑150 (MQ=255) ttcttGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGc < 2:294209/150‑1 (MQ=255) aaCGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAAc > 1:423426/1‑150 (MQ=255) gCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc > 2:168873/1‑137 (MQ=255) gCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc < 1:168873/137‑1 (MQ=255) ccGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATg > 1:446870/1‑91 (MQ=255) ccGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATg < 2:446870/91‑1 (MQ=255) ccGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCAGGAGCACACCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCCCCAACTGCCg > 2:33365/1‑150 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgct < 2:703922/107‑1 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgct > 1:703922/1‑107 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTcc > 1:1065578/1‑124 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTcc < 2:1065578/124‑1 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACt < 2:520993/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGcgc < 2:404084/77‑3 (MQ=37) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGcgc > 1:404084/1‑75 (MQ=25) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTg < 1:883167/150‑1 (MQ=255) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTg < 1:185956/150‑1 (MQ=255) tCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTgg > 1:327958/1‑150 (MQ=255) gTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc < 2:423426/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc < 2:1215830/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTACAACGTTTGGTTGCTCGTACGTGCTCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc < 2:685499/150‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATccc < 2:759241/150‑1 (MQ=255) cccGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACCGGCACTGATCCCCTGt > 2:1094657/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGTCGCCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGtt < 1:33365/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgc < 1:384869/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgctgc < 2:1272292/150‑1 (MQ=255) cGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGaa < 1:884538/46‑1 (MQ=255) cGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGaa > 2:884538/1‑46 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc > 1:648153/1‑91 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc < 2:648153/91‑1 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGaaa > 1:399657/1‑117 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGaaa < 2:399657/117‑1 (MQ=255) aaTTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGc > 2:226352/1‑150 (MQ=255) aaTTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGc < 2:397865/150‑1 (MQ=255) ttCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACCGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGc < 1:1094657/150‑1 (MQ=255) tGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCg > 2:1216110/1‑150 (MQ=255) tGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCAGCTCCTACTACCAAGGAAATTGATGTTCACTGTGTTCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCg < 1:25250/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCAc > 1:963167/1‑150 (MQ=255) atggcCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACt > 2:626545/4‑149 (MQ=255) atggcCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACt < 1:626545/146‑1 (MQ=255) gcCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTcc > 1:267218/1‑150 (MQ=255) ccTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCa < 1:844064/150‑1 (MQ=255) ccTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCa > 1:828087/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCAt > 1:848448/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTAAGCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCAt > 1:781392/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAgc > 1:714016/1‑150 (MQ=255) aGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAAt > 1:879581/1‑150 (MQ=255) | TACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAAT > NC_002947/4282253‑4282548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |