Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,370,527 | G→A | 9.5% | V59V (GTG→GTA) | PP_3847 → | LuxR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,370,527 | 0 | G | A | 9.5% | 113.5 / 2.9 | 42 | V59V (GTG→GTA) | PP_3847 | LuxR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/17); new base A (2/2); total (23/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
GGCACCAGGCCATCGGCAGACTAATCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTGGCTAGCCGACGTGGCGCCGGA > NC_002947/4370391‑4370673 | ggCACCAGGCCATCGGCAGACTAATCGAGGAACTCAGACGTGTGCTTTTCTGGTTTGCCTTGGTGCGTAAACCGCGTAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGcc < 1:606413/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCCATCGGCAGACTAATCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTACCTGGCCACGAGGCGTCAACTGGCTATTTACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAg > 1:1120909/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCATCGGCAGACTAATCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAgg > 2:1058518/1‑150 (MQ=255) ggCCATCGGCAGACTAATCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCaa < 2:1058774/150‑1 (MQ=255) aTCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCg < 1:1023155/142‑1 (MQ=255) aTCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCg > 2:1023155/1‑142 (MQ=255) ggCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGATGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGct > 1:675737/1‑150 (MQ=255) aCTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCtt > 1:253723/1‑150 (MQ=255) ttGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTTATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTCAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTc < 1:303063/150‑1 (MQ=255) tGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCa < 1:1058518/150‑1 (MQ=255) gCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGTGGAGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACt > 2:851515/1‑150 (MQ=255) gCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACt > 1:329567/1‑150 (MQ=255) tAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAgg > 2:829596/1‑111 (MQ=255) tAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAgg < 1:829596/111‑1 (MQ=255) tAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCt > 2:823968/1‑150 (MQ=255) tCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAg < 1:823968/150‑1 (MQ=255) tggctggcCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTTCTTATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGc < 2:1266477/150‑1 (MQ=255) gctggcCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCt < 1:515465/150‑1 (MQ=255) cTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGccgttagtt > 2:91986/1‑143 (MQ=255) gTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTc < 2:253723/150‑1 (MQ=255) tCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGAccc > 1:821070/1‑150 (MQ=255) cTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCAAGAGCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCtttt > 1:281790/1‑150 (MQ=255) ataCATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCt < 2:993771/64‑1 (MQ=255) ataCATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCt > 1:993771/1‑64 (MQ=255) ataCATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGc > 2:716477/1‑150 (MQ=255) taCATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGTGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGcc > 2:1138997/1‑150 (MQ=255) aTTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCaaa > 2:624156/1‑149 (MQ=255) gTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGaa < 1:851515/150‑1 (MQ=255) gTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTAAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAACGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGaa < 2:184583/150‑1 (MQ=255) gTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTACTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGaa > 1:528234/1‑150 (MQ=255) ggACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGc < 1:91986/150‑1 (MQ=255) cAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCAcc < 2:329567/150‑1 (MQ=255) aGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCg > 2:868890/1‑150 (MQ=255) ttGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCCCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTTTATTTGCTCCACACTTTTTATCTCGCCAACAGGGAAGctaccca > 2:550112/1‑144 (MQ=255) gTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGc > 1:117388/1‑150 (MQ=255) tGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTACTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGgtt < 2:528234/150‑1 (MQ=255) tGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTACTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGgtttgt > 1:355053/1‑150 (MQ=255) ttCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTgg < 1:716477/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTACTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTgg < 2:355053/150‑1 (MQ=255) tGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTGGCTAGCCGa > 1:513054/1‑150 (MQ=255) atCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGTCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTGGCTAGCCGACg > 2:878983/2‑150 (MQ=255) ggTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTGGCTAGCCGACGTGGCGCCGGa < 2:117388/150‑1 (MQ=255) | GGCACCAGGCCATCGGCAGACTAATCGAGGCACTTGACCGCCCTAATTTCTGGCTGGCCTTGGTGCGTCAACTGGATAGATACATTCCGGTGGACAGTTGGGTCGTGCTGATATTCAGCAGTGGTCGCCCGCAGGTGCTCGCTGAATGCCCAGGCAAGGATGGCGGGCCAGATCCGCTCTTTCAGGACTACCTCAAAGGCCTGTATTTGCTCGACCCTTTTTATCTCGCCAACCGGGAAGCACCGCAGAGCGGTTTGTTTTGGCTAGCCGACGTGGCGCCGGA > NC_002947/4370391‑4370673 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |