Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,635,810 | C→A | 64.3% | intergenic (‑9/+55) | uvrY ← / ← PP_4100 | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator/Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,635,810 | 0 | C | A | 64.3% | 39.9 / 35.3 | 47 | intergenic (‑9/+55) | uvrY/PP_4100 | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator/Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/7); new base A (17/13); total (27/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTG > NC_002947/4635665‑4635943 | aGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACCTCCCTCTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGt > 1:404024/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCt > 1:405701/1‑150 (MQ=255) ggAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGGGCGTACGAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCGCGTCAGCAGGGCGATTGGATGCGCCCACCTTGACa > 2:126699/1‑150 (MQ=255) ccTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt > 1:166535/1‑150 (MQ=255) acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTca > 1:650460/1‑108 (MQ=255) acccaccACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTca < 2:650460/108‑1 (MQ=255) accaccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg > 2:980558/1‑150 (MQ=255) caccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAAc > 1:824810/1‑131 (MQ=255) caccTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAAc < 2:824810/131‑1 (MQ=255) ggCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCa > 2:1162769/1‑150 (MQ=255) 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ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc < 1:751265/134‑1 (MQ=255) ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCAt < 1:432596/138‑1 (MQ=255) ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCAt > 2:432596/1‑138 (MQ=255) ggCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAg > 1:1176144/1‑150 (MQ=255) aTCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc > 2:895262/1‑127 (MQ=255) aTCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAAc < 1:895262/127‑1 (MQ=255) tgtAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACg > 2:949580/1‑150 (MQ=255) tAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGAc < 2:55236/143‑1 (MQ=255) tAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGAc > 1:55236/1‑143 (MQ=255) aTACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCg > 1:566523/1‑150 (MQ=255) tACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCgg > 1:1058078/1‑150 (MQ=255) ccAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGcc > 1:1158790/1‑150 (MQ=255) cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAACCGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCg < 1:126699/150‑1 (MQ=255) cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttccttc > 2:1080495/1‑118 (MQ=255) cAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGcttccttc < 1:1080495/118‑1 (MQ=255) tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGAt < 2:987987/59‑1 (MQ=255) tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGAt > 1:987987/1‑59 (MQ=255) tGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTAtt > 2:683367/1‑150 (MQ=255) gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg < 2:613985/89‑1 (MQ=255) gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTgg > 1:613985/1‑89 (MQ=255) gATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTAttt > 1:570676/1‑150 (MQ=255) atcTACTACTACGACCCGAACAAACCACACACATCGTCAGCAGGGCGGTTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCATAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 2:566523/150‑1 (MQ=255) atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTc > 2:256937/1‑78 (MQ=255) atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTc < 1:256937/78‑1 (MQ=255) atcGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCg < 2:1058078/150‑1 (MQ=255) aCCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGc < 2:17682/150‑1 (MQ=255) aCTAAGACCCTAATCCAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCATGATTTCCCcggccgtt < 2:404024/150‑6 (MQ=255) aaGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt < 2:591766/67‑1 (MQ=255) aaGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAAttttt > 1:591766/1‑67 (MQ=255) cTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTg > 1:478785/1‑150 (MQ=255) cTAATCAAGCACACACATCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTg < 2:1158790/150‑1 (MQ=255) | AGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATCATCGACCACTAAGACCCTAATCAAGCACACACCTCGTCAGCAGGGCGATTGGATCCCGCCACCTTAACAAAATTTTTCACGGTGGGCCTAACGCATTGCTTCCTTCAGAAACGACTGACGTTCGACAGTAAGCGGCCGCACTATTTGCCGGGGCTTGGCGTCGTTG > NC_002947/4635665‑4635943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |