| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 320,471 | G→A | 12.1% | intergenic (‑140/‑138) | rmlC ← / → aguA | dTDP‑4‑dehydrorhamnose 3,5‑epimerase/agmatine deiminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 320,471 | 0 | G | A | 12.1% | 82.3 / 3.9 | 33 | intergenic (‑140/‑138) | rmlC/aguA | dTDP‑4‑dehydrorhamnose 3,5‑epimerase/agmatine deiminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/13); new base A (2/2); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
GATGTTCATAGCGGCTCGCTGGCCCGTCGTTCAAGTATTGACCCTAGTCGGCCTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGCTTCAAATATCGATATATATCGGTTATAAATTGACAAACGCCCCAGCATACCCGGCTCAGGGCCATCACAGAGGTCACCCATGAAAACCCT > NC_002947/320323‑320619 | tattttCATAGCCGCTCTCTGGCCCGACGTTCAAGTTTTGACCCTAGTCGGCCTTGCCGGAAATTTCCGCACGTAGCTGGAACAGGATTCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTGTCACCAGACCAGCTCTGATAGgt < 2:94903/146‑1 (MQ=255) tgTTCATAGCGGCTCGCTGGCCCGTCGTTCAAGTATTGACCCTAGTCGGCCTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGgtgt < 2:722642/150‑1 (MQ=255) tAGCGGCTCGCTGGCCCGTCGTTCAAGTATTGACCCTAGTCGGCCTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTg > 1:717747/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGAttt > 1:980964/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGgt > 1:193536/1‑98 (MQ=255) cTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGgt < 2:193536/98‑1 (MQ=255) cGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGc > 1:691619/1‑150 (MQ=255) cGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGc < 1:735730/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGCTTCAAata < 1:234173/150‑1 (MQ=255) 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ggTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGCTTCAAATATCGATATATATCGGTTATAAATTGACAAACGCCCCAGCATACCCGGCTCAGGGCCATCACAGAGGTCACCCATGAAAACCCt < 1:99544/150‑1 (MQ=255) | GATGTTCATAGCGGCTCGCTGGCCCGTCGTTCAAGTATTGACCCTAGTCGGCCTTGCCGGAAATTTCCGCGCGTAGCTGTAACAGGATGCATAAGGTGTGGCTATGGTAGACAGCAGGCCGTTCCTTTCACCAGACCAGCGCTGATAGGTGTCGATTGTTATCGATTTAAATTCGCCGAATGGCGCGGAATTCTTCGATTTTCAGGCTTCAAATATCGATATATATCGGTTATAAATTGACAAACGCCCCAGCATACCCGGCTCAGGGCCATCACAGAGGTCACCCATGAAAACCCT > NC_002947/320323‑320619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |