| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,280 | C→T | 69.6% | intergenic (+471/+281) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,280 | 0 | C | T | 69.6% | 23.8 / 12.1 | 23 | intergenic (+471/+281) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base T (8/8); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
CTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCT‑CC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGC > NC_002947/4741175‑4741401 | ctTGATGGTCGTGATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TC‑CCCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtc < 1:105409/150‑1 (MQ=255) gATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc > 1:1156116/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctcc < 2:1156116/150‑1 (MQ=255) tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGATCTAATCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGAAGTAGTGAG‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 1:286802/1‑150 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 2:897385/1‑150 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGGATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGCACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg > 1:647212/1‑150 (MQ=255) aaTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 2:241265/1‑150 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 1:31289/1‑150 (MQ=255) cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTACAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc < 2:668603/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGGCACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 1:589126/1‑150 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTAGTCACATTCGTATGTGAG‑CA‑GCTGCT‑GCGTCT‑TGCATTCGTGGA‑TCCAGGCCGGGGGCGTATTTACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATAACGGTCACACcgc > 1:931617/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:931617/150‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:678514/1‑150 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 2:31289/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 2:647212/150‑1 (MQ=255) gtcgctgCTCTGGTCCCCTTCGTGCTTGCGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:589126/144‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:1274852/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 1:1228349/1‑150 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:1191572/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg > 1:648445/1‑114 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTT‑CT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 2:648445/114‑1 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGa > 1:449355/1‑85 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCT‑TCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGa < 2:449355/85‑1 (MQ=255) | CTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCT‑CC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGC > NC_002947/4741175‑4741401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |