| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 335,807 | C→A | 10.9% | noncoding (32/89 nt) | PP_mr04 → | C4 ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 335,807 | 0 | C | A | 10.9% | 161.5 / 6.2 | 55 | noncoding (32/89 nt) | PP_mr04 | C4 ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/25); new base A (3/3); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGAAAAAAGATGTTTCTGAGCCAATCACAAC > NC_002947/335659‑335949 | cGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCg < 1:1163297/150‑1 (MQ=255)cGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCg < 1:1271537/150‑1 (MQ=255) tCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGcc > 2:1225155/1‑150 (MQ=255) cTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACGCGACTTGAATAAGAGTTACACGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACTTGGGTCTGGCCgg > 2:541804/1‑150 (MQ=255) cTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCgg < 2:106379/150‑1 (MQ=255) cgaggcgcagAAGTAACGCTGTTCTTGGTGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTc < 1:541804/145‑1 (MQ=255) gccgccGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCtt < 1:482288/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGt < 2:819792/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTtc > 2:352199/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTtc > 1:312856/1‑150 (MQ=255) ttgtCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCAc > 2:99449/1‑150 (MQ=255) ttgtCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCAc > 1:779097/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGCGGCCAGACCGAGGTCTgcccac < 1:872555/115‑6 (MQ=255) aaGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGCGGCCAGACCGAGGTCTgcccac > 2:872555/1‑110 (MQ=255) gTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACgg > 2:807840/1‑150 (MQ=255) cTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTgc < 2:1110914/150‑1 (MQ=255) tCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTAt > 1:35948/1‑118 (MQ=255) tCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTAt < 2:35948/118‑1 (MQ=255) gATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGcccc > 2:1022202/1‑150 (MQ=255) aTACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCt > 1:716483/1‑131 (MQ=255) aTACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCt < 2:716483/131‑1 (MQ=255) aTACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCa < 1:1090744/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGGGTCGCTCTGGTGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATc > 1:730082/1‑150 (MQ=255) cGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGTGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATc > 1:174435/1‑150 (MQ=255) cGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATc > 1:936400/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGttt < 1:933543/118‑1 (MQ=255) gTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGttt > 2:933543/1‑118 (MQ=255) ttCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTg < 2:50611/150‑1 (MQ=255) tCGGGTCGCTCTGGTGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTga < 2:730082/150‑1 (MQ=255) gggTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGt < 2:392566/146‑1 (MQ=255) gggTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGt > 1:392566/1‑146 (MQ=255) tGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGAttttt < 1:352199/150‑1 (MQ=255) tGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGCCAGACCGAGGTCTgcc > 1:118245/1‑77 (MQ=255) tGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGCCAGACCGAGGTCTgcc < 2:118245/79‑3 (MQ=255) gCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGCCAGACCGAGGTCTGccca > 2:1002166/1‑78 (MQ=38) gCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGCCAGACCGAGGTCTGccca < 1:1002166/79‑2 (MQ=38) tgtgAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCt > 1:1011435/1‑150 (MQ=255) tgAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTc > 2:450090/1‑150 (MQ=255) 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gACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATaa < 1:1022202/150‑1 (MQ=255) gACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATACGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATaa < 2:312856/150‑1 (MQ=255) gAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCg < 2:947573/72‑1 (MQ=255) gAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCg > 1:947573/1‑72 (MQ=255) gTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGa > 1:920400/1‑150 (MQ=255) gTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGa > 2:1257017/1‑150 (MQ=255) ccGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGa < 1:225915/128‑1 (MQ=255) ccGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGa > 2:225915/1‑128 (MQ=255) aCGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGAAAAAAGATGTTTCTGAGCCaa < 2:779097/150‑1 (MQ=255) cAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGAAAAAAGATGTTTCTGAGCCAATCACAAc > 2:603290/1‑150 (MQ=255) cTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGt < 1:144972/98‑1 (MQ=255) cTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGt > 2:144972/1‑98 (MQ=255) | CGGAAGTATCCTACGCGCGCCGCCGAAGTAACGCTGTTGTCGGGGAAGTGGCTCACGGATACCGTTTTCGGGTCGCTCTGGCGACTGGGTGTGAGAACCCGACTTGAATAAGCGTTACCCGCCATGGTGGTCGTACGTGGGCAGACCTCGGTCTGGCCGGGCTTCCTTATTCACTCGGTTTCTCACCCTGCGTACGGCTGCCGCCCCAAATCCGTGAGAAAGATTTTTGGCAGTCTCCTTCCGTGAATAAGGATTTGCCATGAAAAAAGATGTTTCTGAGCCAATCACAAC > NC_002947/335659‑335949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |