Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,331,109 | A→T | 6.5% | V167D (GTC→GAC) | PP_4692 ← | aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,331,109 | 0 | A | T | 6.5% | 184.4 / 2.7 | 61 | V167D (GTC→GAC) | PP_4692 | aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base T (2/2); total (28/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
GCGTCCATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGT > NC_002947/5330962‑5331256 | gcgTCCATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACg > 1:50101/1‑150 (MQ=255) tCCATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGgtg > 1:806525/1‑150 (MQ=255) cATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTc > 2:423742/1‑150 (MQ=255) cATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCAATGCCGCTCGTGGGTGGTTATTGACAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTc < 1:862807/150‑1 (MQ=255) aTGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTcc > 1:57742/1‑150 (MQ=255) cATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGt < 1:617427/150‑1 (MQ=255) aTAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTc < 1:834147/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAAGTCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAgcgc < 1:404564/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAgcgc < 1:423742/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGCTCAGCACGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAgcgc < 1:403413/150‑1 (MQ=255) gTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTc > 2:55565/1‑150 (MQ=255) gTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAg < 2:661623/142‑1 (MQ=255) gTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAg > 1:661623/1‑142 (MQ=255) gATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACAGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAg < 2:1145748/150‑1 (MQ=255) tctcGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGt > 2:1143807/1‑150 (MQ=255) tctcGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGt < 1:1143807/150‑1 (MQ=255) tCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCa < 1:1085564/150‑1 (MQ=255) accaccaGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAGCCAGGTCGGCAGTc > 1:828098/1‑150 (MQ=255) accaccaGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTc > 2:1115238/1‑150 (MQ=255) accaGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGc < 2:402351/150‑1 (MQ=255) caGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTg > 1:192051/1‑150 (MQ=255) aTGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATa < 2:296874/150‑1 (MQ=255) gCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGt > 1:451764/1‑110 (MQ=255) gCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGt < 2:451764/110‑1 (MQ=255) gCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGtt < 2:1075493/150‑1 (MQ=255) gCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACAGATGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGtt < 1:612101/150‑1 (MQ=255) gtggtTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACAAGGACACCGTCGgtgccc > 1:405315/1‑87 (MQ=255) gtggtTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACAAGGACACCGTCGGTGccc < 2:405315/90‑1 (MQ=255) ttCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGACACCGTCGGTGCCCtggt > 2:215562/1‑87 (MQ=255) ttCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGACACCGTCGGTGCCCTGGt < 1:215562/90‑1 (MQ=255) ccAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACTGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAAtt > 1:142443/1‑150 (MQ=255) caggcaggCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTg < 1:952961/150‑1 (MQ=255) caggcaggCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTg < 1:1220023/150‑1 (MQ=255) aggcCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGccc > 1:1081676/1‑150 (MQ=255) gcCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCGGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCg > 2:358980/1‑150 (MQ=255) cGCCCCGCGCCCCAGCACGGTACCCTTCGGGTTGGCCAGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTc < 2:192051/150‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCCCCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGAc < 2:1081676/150‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGAc > 2:988177/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGa < 2:1048676/102‑1 (MQ=255) tCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGa > 1:1048676/1‑102 (MQ=255) cccAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCgg < 1:838776/110‑1 (MQ=255) cccAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCgg > 2:838776/1‑110 (MQ=255) cccAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGgcgc > 1:122861/1‑150 (MQ=255) cAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGt > 2:1113976/1‑80 (MQ=255) cAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGt < 1:1113976/80‑1 (MQ=255) cAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAg > 2:1285029/1‑150 (MQ=255) cGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGt < 2:806525/150‑1 (MQ=255) ccGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGa < 1:55565/150‑1 (MQ=255) cGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGAt < 2:57742/150‑1 (MQ=255) gTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCt > 2:463481/1‑58 (MQ=255) gTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCt < 1:463481/58‑1 (MQ=255) ggTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACTGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACg < 2:142443/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAGCCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACgg < 2:828098/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTaa > 2:984253/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGCCGCACCAAGTGGCGATTGCACGGGTAAccc < 1:358980/150‑1 (MQ=255) aaGCGACCAAGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGAt > 2:622335/1‑150 (MQ=255) gCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCg > 1:488319/1‑150 (MQ=255) aCCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCa > 1:645755/1‑150 (MQ=255) aCCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCa > 1:812373/1‑150 (MQ=255) ccGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAg < 1:622335/150‑1 (MQ=255) cGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGt < 2:812373/150‑1 (MQ=255) | GCGTCCATGCCATAGGTGAGGCCGTGGTAGATCTCGTCCACCACCAGATGGCCATGCCGCTCGTGGGTGGTTCTGGCCAGGCAGGCCAACGCCTCGCGCCCCAGCACGGTACCGGTCGGGTTGGCCGGCGAAGCGACCAGGGCACCGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTCGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGT > NC_002947/5330962‑5331256 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |