Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,344,528 | A→G | 12.5% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,528 | 0 | A | G | 12.5% | 114.7 / 8.5 | 48 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/24); new base G (4/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.24e-01 |
GCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCC > NC_002947/5344400‑5344674 | gtgtGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAGCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:1089984/147‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:154156/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:712389/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 1:113761/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 1:756324/1‑150 (MQ=255) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGGCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGGAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:258296/150‑1 (MQ=255) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:812651/150‑1 (MQ=255) aaGCCAGCGGCGAACACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCAGAACGTGCCGCTGGAGGTTTCTGGTGCAGGCCTCGTCGAGGGCAACCCCTCCTAGCTGGTAACGCGTGACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:1254191/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa > 1:783203/1‑150 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:199595/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggc < 1:690851/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCACTTCGCGGGTAAACCCGCCTACAAGCCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGCAGAggc > 1:48899/1‑150 (MQ=39) cgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 1:812911/150‑1 (MQ=255) gcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccgg < 2:756324/150‑1 (MQ=255) aaGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc > 1:171890/1‑131 (MQ=255) aaGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:171890/131‑1 (MQ=255) agggTTCCTCCCAAGGCCGTACCAACTACTTCCGCGGCCGTCCACGCGGTTGAGCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGt < 1:462505/148‑1 (MQ=37) cGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGtt < 1:1172243/150‑1 (MQ=255) ccACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAaca < 2:113761/150‑1 (MQ=255) gCCTGATCACCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCa > 2:1275435/1‑150 (MQ=255) ccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGt < 2:296109/108‑1 (MQ=255) ccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGt > 1:296109/1‑108 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 1:848499/1‑109 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:848499/109‑1 (MQ=255) ccGCGGTTGATCCGAGATTGTGCCGGCCTCTTCGCGAGTAAAGCCGCGTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACGAGGCCGGCTCAGGTTGAACACCGCTCCCAGGTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 2:528226/1‑150 (MQ=38) ggTTGATCCGAGCTTGGGCCGGCCTCGGCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt < 2:608446/150‑1 (MQ=255) gAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGccc > 1:131927/1‑150 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 2:1282752/1‑130 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGCTg < 1:1282752/130‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 1:551590/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 2:949540/1‑150 (MQ=255) ggCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACAAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTGGCAGTCCATCGCACCTGACTACAGc < 2:48899/150‑1 (MQ=37) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc < 1:949540/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa > 2:1025171/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg < 2:783203/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa < 1:1275435/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCACACCGCTACACTGTCTTGTCGAGTAACAGTGTCAGTCCATCGCCCCTTACAACAGCAGGacc > 2:919520/1‑150 (MQ=38) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga < 1:154942/124‑1 (MQ=21) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 2:154942/6‑129 (MQ=21) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:963855/6‑150 (MQ=25) cgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc > 2:303284/5‑94 (MQ=14) cgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 1:303284/90‑1 (MQ=14) cccGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCACAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:968687/1‑150 (MQ=255) ccgccgACGAGTCAACGCGTTACCTCGTAGGATGTGGTTTACCCGGCAAGAGGCTGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCTAGCTACACTGTCTTATTGAATCGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 2:81181/150‑1 (MQ=255) cGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCg > 2:950678/1‑150 (MQ=255) tACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 2:987890/1‑150 (MQ=39) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:154410/1‑150 (MQ=255) gTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc < 2:551590/150‑1 (MQ=255) | GCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCC > NC_002947/5344400‑5344674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |