Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,440,059 | T→C | 7.7% | D272G (GAC→GGC) | amn ← | AMP nucleosidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,440,059 | 0 | T | C | 7.7% | 138.4 / 2.5 | 52 | D272G (GAC→GGC) | amn | AMP nucleosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/27); new base C (2/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
CCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCAC > NC_002947/5439918‑5440203 | ccGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATAAACACGCAATGCGGGCGCAGCAAGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGgcggcg > 1:234633/1‑150 (MQ=255) tCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAggt > 1:1086462/1‑150 (MQ=255) tGCGACTGCCGCAGGGCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAggtgg > 2:373725/1‑150 (MQ=255) gCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAggtggt < 1:133572/150‑1 (MQ=255) gACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAg < 2:246436/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCgg > 1:245628/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGc > 1:986542/1‑150 (MQ=255) gccgccGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTg < 2:65361/150‑1 (MQ=255) ccgcAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAg > 1:808089/1‑150 (MQ=255) tGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGc < 2:1136797/150‑1 (MQ=255) ccGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAg < 2:1057970/150‑1 (MQ=255) tcatcaGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCa < 2:808089/150‑1 (MQ=255) agccagcAATGCCGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGCCCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGCTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTg < 1:77272/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGc < 1:464512/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAggt < 2:945943/98‑1 (MQ=255) gcgcAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAggt > 1:945943/1‑98 (MQ=255) gcgcAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTg > 1:613860/1‑150 (MQ=255) gcaCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTg > 1:1003059/1‑109 (MQ=255) gcaCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTg < 2:1003059/109‑1 (MQ=255) caCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTc < 2:990584/150‑1 (MQ=255) aCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACAACCACGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCg < 1:402900/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGcc < 1:373725/150‑1 (MQ=255) aTGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCttt < 2:234633/150‑1 (MQ=255) tCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGt < 1:443392/93‑1 (MQ=255) tCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGt > 2:443392/1‑93 (MQ=255) ttGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATc < 1:379809/150‑1 (MQ=255) gCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGACCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGc > 2:864627/1‑124 (MQ=255) gCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGACCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGc < 1:864627/124‑1 (MQ=255) cGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTACGCCGGCGTCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCacga < 2:104107/150‑1 (MQ=255) gCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGc > 2:684980/1‑89 (MQ=255) gCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGc < 1:684980/89‑1 (MQ=255) gCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAAACCACGCTGGCCACCAAGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCgg > 1:560611/1‑150 (MQ=255) ccACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGa < 1:232742/132‑1 (MQ=255) ccACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGa > 2:232742/1‑132 (MQ=255) ccACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGgca > 1:405421/1‑150 (MQ=255) cacCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGgcagca > 2:251305/1‑150 (MQ=255) acCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAggg < 2:993164/95‑1 (MQ=255) acCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAggg > 1:993164/1‑95 (MQ=255) acCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCAc > 1:493921/1‑150 (MQ=255) tGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGTTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCAtac > 2:551365/1‑150 (MQ=255) gTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAgcgc < 2:245628/150‑1 (MQ=255) cacctgaTCGCCGCCGACGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCg > 2:1264137/7‑125 (MQ=255) cacctgaTCGCCGCCGACGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCg < 1:1264137/119‑1 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGtt < 2:1064232/120‑1 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGtt > 1:1064232/1‑120 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg < 2:405421/150‑1 (MQ=255) aCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCggg < 2:613860/150‑1 (MQ=255) ctgaTCGCCGCCGACGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg > 2:405881/4‑147 (MQ=255) ctgaTCGCCGCCGACGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg < 1:405881/144‑1 (MQ=255) cGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCTGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCAc < 2:1086462/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCAt > 2:38328/1‑126 (MQ=255) gCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCAt < 1:38328/126‑1 (MQ=255) | CCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATCAGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCAC > NC_002947/5439918‑5440203 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |