Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,577,872 | C→T | 8.4% | intergenic (+7/‑38) | PP_4906 → / → rhdA | hypothetical protein/thiosulfate sulfurtransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,577,872 | 0 | C | T | 8.4% | 125.8 / 3.2 | 48 | intergenic (+7/‑38) | PP_4906/rhdA | hypothetical protein/thiosulfate sulfurtransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/21); new base T (2/2); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
GCAGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGAGCAGCGCCAACCGCTATGT > NC_002947/5577725‑5578019 | gCAGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGGTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGACTGTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGTAAGACCGCGAAATACATCGAGCTGGCCTTGTCGGTGTTTACAAACCGGAAGAGTTGAGCCTTgcgc > 2:104842/1‑150 (MQ=255) aGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTa > 2:546308/1‑150 (MQ=255) aGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTa > 1:919817/1‑150 (MQ=255) aGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGCTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAACCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTTTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTa > 2:1166812/1‑150 (MQ=255) ccAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTTGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACa > 2:778495/1‑150 (MQ=255) aaCGACAAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAAt > 1:1276884/1‑150 (MQ=255) gACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGc < 2:15142/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGcccc < 2:1144816/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGAAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGAGCTACACTCGGCCCTCTTGCca < 2:282717/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGcc < 2:534864/135‑1 (MQ=255) tgctgGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGcc > 1:534864/1‑135 (MQ=255) gCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCCCCATGGAGACCGt > 1:268197/1‑150 (MQ=255) cAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGa < 1:778495/150‑1 (MQ=255) gggCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGAcc < 2:919817/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGTAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGAc < 1:440910/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGGCGAACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGAc < 1:977855/150‑1 (MQ=255) aGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGa > 1:1252112/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGa > 2:1128152/1‑150 (MQ=255) gCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGAt > 2:558171/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAg < 1:546308/150‑1 (MQ=255) cAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAg > 1:696289/1‑150 (MQ=255) aaGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCttt > 1:291076/1‑94 (MQ=255) aaGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCttt < 2:291076/94‑1 (MQ=255) gCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTgg > 1:15628/1‑138 (MQ=255) gCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTgg < 2:15628/138‑1 (MQ=255) cTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCa < 2:1252112/150‑1 (MQ=255) ggCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGTGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGAcc > 1:1206051/1‑150 (MQ=255) aGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACctgct < 1:1128152/150‑1 (MQ=255) aGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACctgct < 2:268197/150‑1 (MQ=255) gcgcAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCAc > 2:808414/1‑150 (MQ=255) gcAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGAt < 1:236997/95‑1 (MQ=255) gcAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGAt > 2:236997/1‑95 (MQ=255) gcAATGCAGCGAGCGCGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCACAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGc < 2:125281/150‑1 (MQ=255) aaTGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGTTCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCt < 2:1276884/150‑1 (MQ=255) aTGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGTGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCt > 2:593314/1‑149 (MQ=255) aTGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGTGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCt < 1:593314/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCaa < 1:220001/150‑1 (MQ=255) gCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCtgctgc > 2:39303/1‑129 (MQ=255) gCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCtgctgc < 1:39303/129‑1 (MQ=255) cTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTg > 1:889916/1‑150 (MQ=255) gtgtTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGGTGACCGACTTTTCCGCCCTGCCCCTGGCGATCGACGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCGGCAACTGATCCTgg > 1:1053716/1‑150 (MQ=255) tttACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGTGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCg < 2:1206051/150‑1 (MQ=255) tACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGATGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGAc > 2:782305/1‑150 (MQ=255) aaCCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGa < 2:889916/150‑1 (MQ=255) aCCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGag < 1:782305/150‑1 (MQ=255) cgaaaGGGTTCAGCCTGGCGGTACAATCCCTCCTC‑TTCCGCACGGGAGACCTTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGagcag > 2:1013125/4‑150 (MQ=255) cGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCGCCATCCTGATTCTCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGagca > 2:304007/1‑150 (MQ=255) ttGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGAGCAGCGCCAAc < 1:808414/150‑1 (MQ=255) tGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGAGCAGCGCCAACCGCTATGt > 1:1269523/1‑150 (MQ=255) | GCAGCCAACGACCAGGTGCTGATGCTGCTGGTGGCCGACCAGGGCTGCCGGCCTTTGGCCGATATCAGCGTGCAAGCCTTCGGCAAGACCGCGCAATGCATCGAGCGGGCCTTGTCGGTGTTTACCAACCGCAAGGGTTGAGCCTTGCGCTACAATCGCCCCTCTTTCCACACTGGAGACCGTGGATGACCGACTTTTCCGGCCTGCCCCTGGTGATCGAAGCTGCAGACCTGCTGCCACGCCTGGATTCGCCGCAACTGATCCTGGTCGACCTGAGCAGCGCCAACCGCTATGT > NC_002947/5577725‑5578019 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |