Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,687,448 | A→G | 7.1% | I525T (ATC→ACC) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,687,448 | 0 | A | G | 7.1% | 160.8 / 2.4 | 56 | I525T (ATC→ACC) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/27); new base G (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-01 |
GGCCTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCG > NC_002947/5687300‑5687597 | ggCCTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGAt < 2:189894/150‑1 (MQ=255) gcccTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGACGGTGTCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGAt < 2:426122/148‑1 (MQ=255) gCCTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGTCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATg < 1:896101/150‑1 (MQ=255) gCCTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATg > 1:1165367/1‑150 (MQ=255) ccTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGt < 1:294119/150‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCgg > 1:682981/1‑150 (MQ=255) gcgcCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATgt > 1:59543/1‑150 (MQ=255) cTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATgtcgtc > 2:1046246/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAg > 2:7051/1‑150 (MQ=255) gCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATg < 2:389783/150‑1 (MQ=255) aGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTc > 1:183808/1‑150 (MQ=255) aGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTc > 2:624275/1‑150 (MQ=255) tGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGGCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTACGGGCTAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGACgct > 1:337785/1‑148 (MQ=38) gTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCt > 1:1267482/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCt < 1:483275/150‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGACGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCtg < 1:1280451/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGa < 1:574423/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATgtcgt < 2:1134986/115‑1 (MQ=255) gCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATgtcgt > 1:1134986/1‑115 (MQ=255) gcTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCgg < 1:413702/99‑1 (MQ=255) gcTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCgg > 2:413702/1‑99 (MQ=255) gcTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGc < 1:1164688/150‑1 (MQ=255) tGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCTGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGccc < 2:171001/150‑1 (MQ=255) aCCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTAGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGa > 2:495437/1‑150 (MQ=255) cTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACg > 1:1073085/1‑150 (MQ=255) tcgtcgGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGc < 2:1165367/150‑1 (MQ=255) cgtcgGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCt < 2:59543/150‑1 (MQ=255) gtcgGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCCACAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCtt > 2:1003473/1‑150 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGGTGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCACCCAGACGCt > 1:823267/1‑141 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGGTGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCACCCAGACGCt < 2:823267/141‑1 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGAt < 2:501884/145‑1 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGAt > 1:501884/1‑145 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCt > 1:10723/1‑150 (MQ=255) cACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCtt > 1:799053/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCATTCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGc > 1:1175391/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGc < 2:10723/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCg < 2:195681/150‑1 (MQ=255) aaaGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGgt < 2:352336/150‑1 (MQ=255) gcgGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTg < 2:1267482/150‑1 (MQ=255) ggccggccTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGa < 1:624275/150‑1 (MQ=255) ggccTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATATCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTg > 2:341910/1‑150 (MQ=255) cTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTgg > 2:100976/1‑142 (MQ=255) cTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTgg < 1:100976/142‑1 (MQ=255) cTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTc < 1:1046246/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGGTGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCtgt < 2:504334/99‑1 (MQ=255) tCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGGTGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCtgt > 1:504334/1‑99 (MQ=255) ggCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGcc < 2:1278364/105‑1 (MQ=255) ggCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGcc > 1:1278364/1‑105 (MQ=255) gTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGGCGCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGtgtt > 1:85690/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGtgtt < 2:1073085/150‑1 (MQ=255) aGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGtgttg < 1:945338/147‑1 (MQ=255) aGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGtgttg > 2:945338/1‑147 (MQ=255) ggCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGcac > 2:780536/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGATGATGCCGTTGATGGTGTTGTGcac < 1:495437/150‑1 (MQ=255) gATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGc < 1:769787/142‑1 (MQ=255) gATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGc > 2:769787/1‑142 (MQ=255) aTGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGGCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCg > 1:795455/1‑150 (MQ=255) | GGCCTGAATGGTACGCACCAGCGCCTCGATCTGGCGGGTGGCAGACGATGAACGTTCGGCCAGGCGCTGCACCTCGTCGGCAACCACGGCAAAGCCGCGGCCGGCCTCACCGGCCAGCGAGGCCTGGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGATGTTGGTCTGGTCGGCAATGTCGTCGATCAGGCTGACGATGTCGCCGATTTCCTGTGAGGACTCGCCCAGACGCTTGATCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCG > NC_002947/5687300‑5687597 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |