| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,681 | A→T | 13.1% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,681 | 0 | A | T | 13.1% | 125.8 / 11.0 | 47 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/15); new base T (3/3); total (29/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
GCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790542‑5790825 | gcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGGGACAACGGGTTGTCATGATAATCGGATACTGTTGCGGTTTCG‑CCAAACATGGTGAAGCCGCTATCATTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCCTCGAGGCCGGGTTTa > 1:292494/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa < 2:418525/139‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa > 1:418525/1‑139 (MQ=255) tGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgcag > 2:686010/1‑150 (MQ=255) gCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTc < 1:475834/150‑1 (MQ=255) aTAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTTGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGcc < 2:796058/150‑1 (MQ=255) tCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTg > 2:1024582/1‑150 (MQ=255) cATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTgc < 2:693933/135‑1 (MQ=255) cATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTgc > 1:693933/1‑135 (MQ=255) 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1:49278/1‑105 (MQ=255) gtttcgATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg < 2:49278/105‑1 (MQ=255) tttcgATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCACTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCa < 2:292494/150‑1 (MQ=255) aCCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtttt < 2:609601/68‑2 (MQ=37) aCCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtttt > 1:609601/1‑67 (MQ=37) gAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAAc > 2:888421/1‑150 (MQ=255) gAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAAc < 2:1113478/150‑1 (MQ=255) 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GCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790542‑5790825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |