Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,806,652 | C→T | 6.4% | A395A (GCC→GCT) | mrcA → | penicillin‑insensitive transglycosylase/penicillin‑sensitive transpeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,806,652 | 0 | C | T | 6.4% | 177.3 / 2.5 | 62 | A395A (GCC→GCT) | mrcA | penicillin‑insensitive transglycosylase/penicillin‑sensitive transpeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/27); new base T (2/2); total (33/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
AGCCATTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGTTTC > NC_002947/5806508‑5806796 | agccaTTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGt < 2:718217/150‑1 (MQ=255) agccaTTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGt > 1:565736/1‑150 (MQ=255) agccaTTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGt > 1:1205641/1‑150 (MQ=255) agccaTTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGAcctgggc > 1:480966/1‑145 (MQ=255) ccAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCgg > 1:1205676/1‑150 (MQ=255) tGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGAcc > 2:571144/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCt < 2:1205641/150‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAAc > 1:191913/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGc < 2:1002012/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTGACCCGTGCCGGCCAAACGGCGCCAGTTTCCTAAGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGcc < 2:1104677/150‑1 (MQ=255) ccGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCtt < 2:512005/142‑1 (MQ=255) ccGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCtt > 1:512005/1‑142 (MQ=255) aCGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACAt > 2:1208124/1‑150 (MQ=255) cGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACAtt < 1:135833/150‑1 (MQ=255) ccAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGaa < 1:1208124/150‑1 (MQ=255) cAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAg > 2:218134/1‑150 (MQ=255) agagGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGtt < 2:242041/150‑1 (MQ=255) cTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGAc < 2:590632/76‑1 (MQ=255) cTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGAc > 1:590632/1‑76 (MQ=255) acCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCg > 1:799556/1‑82 (MQ=255) acCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCg < 2:799556/82‑1 (MQ=255) ccATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGaa < 1:578197/124‑1 (MQ=255) ccATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGaa > 2:578197/1‑124 (MQ=255) cATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTgcgc > 1:746531/1‑94 (MQ=255) cATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTgcgc < 2:746531/94‑1 (MQ=255) aTGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCATGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCtt < 1:883046/105‑1 (MQ=255) aTGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCATGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCtt > 2:883046/1‑105 (MQ=255) tGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTg > 2:837735/1‑150 (MQ=255) tGAAATCGGCGCGCCCGTTCCTCAACAACAACGCCCAGCGCCGTTCACCGCAGTCACCGGCCGACGTGGCCCCGGTCGGTGATCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGGTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTg > 2:85540/1‑150 (MQ=255) aaTGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCGCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGGGccc < 2:607588/150‑1 (MQ=255) tGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTg < 2:565736/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTc < 2:245429/150‑1 (MQ=255) gcCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCAccc > 2:1285410/1‑150 (MQ=255) cccGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCt < 1:218134/150‑1 (MQ=255) ccGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGATGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTc > 2:67929/1‑150 (MQ=255) gTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGa < 1:837735/150‑1 (MQ=255) gTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGa < 1:822617/150‑1 (MQ=255) ttCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTg > 1:256042/1‑117 (MQ=255) ttCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTg < 2:256042/117‑1 (MQ=255) ttCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGAc > 1:683933/1‑150 (MQ=255) atcaACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCg > 1:1277530/1‑150 (MQ=255) tcaACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGa > 1:366769/1‑150 (MQ=255) caacaacGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGaacaa > 2:385257/1‑150 (MQ=255) caacGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACgg > 2:87871/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCa > 1:771737/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTtcagtcag < 2:1149973/96‑1 (MQ=255) cAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTtcagtcag > 1:1149973/1‑96 (MQ=255) aGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCTGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATcc > 2:95325/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGgc > 2:1278957/1‑143 (MQ=255) aGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGgc < 1:1278957/143‑1 (MQ=255) ccGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCTTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCgcgc > 1:1106421/1‑150 (MQ=255) tCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTg < 2:366769/150‑1 (MQ=255) ccGCAATCACCGGCTGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTc > 2:154994/1‑150 (MQ=255) ccGCAATCACCGGCTGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTc > 2:154184/1‑150 (MQ=255) cGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTcg > 2:628127/1‑150 (MQ=255) gCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATcc > 2:1022137/1‑137 (MQ=255) gCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATcc < 1:1022137/137‑1 (MQ=255) tCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGt < 2:683933/150‑1 (MQ=255) cACCGGCTGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGtt < 1:154994/150‑1 (MQ=255) cACCGGCTGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGtt < 1:154184/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGAcc > 2:54269/1‑113 (MQ=255) aCCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGAcc < 1:54269/113‑1 (MQ=255) ccGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGTTtc < 1:571144/150‑1 (MQ=255) | AGCCATTGTCACCCAGGTGGAACACACCGGCCTCAAGGTGCTGACCCGTGACGGCCAAGAGGCGCAGGTTGCCTGGGACACCATGAAATGGGCGCGCCCGTTCATCAACAACAACGCCCAGGGCCGTTCACCGCAATCACCGGCCGACGTGGCCCAGGTCGGTGACCTGGTGCGCCTGCAACGCCTTGACGATGGCACATTGAAGTTCAGTCAGGTGCCCGTTGCGCAGAGTGCCCTGGTCACCCTCGACCCGAACAACGGCGCCATCCGCGCCCTGGTCGGCGGTTTC > NC_002947/5806508‑5806796 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |