| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,846,239 | T→C | 8.6% | T217A (ACC→GCC) | mutM ← | formamidopyrimidine‑DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,846,239 | 0 | T | C | 8.6% | 190.8 / 7.1 | 71 | T217A (ACC→GCC) | mutM | formamidopyrimidine‑DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/30); new base C (4/2); total (39/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
GGCAGTACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGATGTTGCCC > NC_002947/5846092‑5846384 | ggCAGTACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGggtgg < 1:211413/150‑1 (MQ=255) tACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCg > 1:999072/1‑150 (MQ=255) tgtactgCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGccc < 2:6857/144‑1 (MQ=255) gCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGCGGTACCACCCTg > 2:98553/1‑150 (MQ=255) cTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGCGGTACCACCCTGc < 2:119976/150‑1 (MQ=255) tCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCt > 2:1165023/1‑150 (MQ=255) ccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGAt < 2:999072/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGAt < 1:849815/150‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGgcc < 2:941924/150‑1 (MQ=255) ccccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTa < 1:420608/130‑1 (MQ=255) ccccAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTa > 2:420608/1‑130 (MQ=255) ttCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGc > 2:441151/1‑150 (MQ=255) gcAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGa < 1:1074425/150‑1 (MQ=255) cTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGAtctc > 1:436027/1‑150 (MQ=255) cTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGAtctc < 1:653808/150‑1 (MQ=255) cGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCa > 1:104661/1‑150 (MQ=255) cGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCa > 2:126583/1‑150 (MQ=255) gCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAg > 1:663764/1‑150 (MQ=255) tACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGCAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGGGGTACCGCCCTGCTAGATTGCCGCCCCCAGCAATCGTTTGATGTAGATCGCCCGttt > 2:539628/1‑150 (MQ=255) tACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGttt > 1:799612/1‑150 (MQ=255) ccTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCa < 2:109695/150‑1 (MQ=255) ccTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCa < 1:441151/150‑1 (MQ=255) tttacgcggcggCCCGCCACGCCCGTAGACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAg > 2:17717/7‑150 (MQ=255) cTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAg > 1:631936/1‑150 (MQ=255) tGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGAACGCCAGTTACAGGTTGCTCGcc > 2:274257/1‑150 (MQ=255) cGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCggg > 1:472147/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAAt < 2:104661/150‑1 (MQ=255) cGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCgggcattg < 2:1285714/150‑6 (MQ=255) gCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATcc < 2:663764/150‑1 (MQ=255) 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gTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGc < 2:799612/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCg > 1:630409/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGt < 1:202554/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTg < 1:1165023/150‑1 (MQ=255) ctgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTgg < 1:126583/150‑1 (MQ=255) ctgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTAGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATcccgcc < 1:1168549/135‑1 (MQ=255) ctgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTAGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATcccgcc > 2:1168549/1‑135 (MQ=255) tgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCTCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCg < 2:872350/143‑1 (MQ=255) tgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCg > 1:872350/1‑143 (MQ=255) tgctgGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTggg > 2:92577/1‑150 (MQ=255) gAAGTACCCCGGCTGCGCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTTGag < 2:78229/150‑2 (MQ=255) gAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGAt < 1:274257/150‑1 (MQ=255) aGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATAc > 1:206158/1‑150 (MQ=255) aCCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACcgg > 2:404181/1‑150 (MQ=255) cccGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATcc < 1:628849/118‑1 (MQ=255) cccGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATcc > 2:628849/1‑118 (MQ=255) cccGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACcggcg < 1:245133/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACcggcgg < 1:92577/150‑1 (MQ=255) cTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCATGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCaaa < 1:307000/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGTTCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAaacaac < 1:404181/150‑1 (MQ=255) cGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACg < 2:693853/150‑1 (MQ=255) ccACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTTGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCg > 1:769425/1‑150 (MQ=255) 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GGCAGTACACGCTCGCCCTCTGCCCCAGCTTCACTTCGCGCAACTCAGTGCCGCATACCTTGCACGGCTGCCCGCCACGCCCGTACACAAACAGTTCCTGCTGGAAGTACCCCGGCTGCCCGTCGCCACCGATAAAGTCGCGCAGGGTGGTACCGCCCTGCTCGATGGCCGCCGCCAGCACCCGTTTGATCTCGATCGCCAGTTTCAGGTAGCGCGCCCGGGAAATCCCGCCCGCCTCTCGGCGTGGGTCGATACCGGCGGCAAACAACGCCTCGGTGGCGTAGATGTTGCCC > NC_002947/5846092‑5846384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |