Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,925,452 | A→G | 6.6% | L250P (CTG→CCG) | gcvT‑II ← | aminomethyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,925,452 | 0 | A | G | 6.6% | 171.3 / 2.6 | 61 | L250P (CTG→CCG) | gcvT‑II | aminomethyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/25); new base G (2/2); total (34/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.98e-01 |
CGCACGACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGAAGAAGGCCACCGCC > NC_002947/5925305‑5925595 | cgcacgACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCCGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACCCGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAgg < 2:1055232/150‑1 (MQ=255) cgcacgACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAgg < 2:449360/150‑1 (MQ=255) gACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGa < 2:232996/150‑1 (MQ=255) gACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGa < 1:51674/150‑1 (MQ=255) gATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGa > 2:805141/1‑150 (MQ=255) aTGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAg < 2:584359/145‑1 (MQ=255) aTGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAg > 1:584359/1‑145 (MQ=255) gTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGTACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGACCAGGTGGGCGGTGAGCGGGGTGTGGt > 2:802375/1‑150 (MQ=255) tACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTg > 2:85051/1‑130 (MQ=255) tACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGtt > 2:1224110/1‑150 (MQ=255) tACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGATCAATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTg < 1:85051/130‑1 (MQ=255) acCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtc < 1:721979/150‑1 (MQ=255) cgcgCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtcgt > 1:585665/1‑150 (MQ=255) cgcgCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtc > 2:617519/1‑148 (MQ=255) cgcgCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtc < 1:617519/148‑1 (MQ=255) ttCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTc > 2:362950/1‑150 (MQ=255) aGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTgg > 1:780931/1‑150 (MQ=255) cAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTa > 2:767937/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCCGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtcgtc > 1:279578/1‑130 (MQ=255) ccaccaGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTtcgtc < 2:279578/130‑1 (MQ=255) caGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCAt < 2:585665/150‑1 (MQ=255) caGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCAt > 1:783045/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGcc > 1:648022/1‑150 (MQ=255) ttttCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCg > 1:134052/1‑150 (MQ=255) ttttCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGCCCGTACAGGTTCATGCCg > 2:177439/1‑150 (MQ=255) tGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTcc > 1:636616/1‑150 (MQ=255) gCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCa > 1:845537/1‑150 (MQ=255) cACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAg < 2:134052/150‑1 (MQ=255) ccagCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTAGATGTAATGGCCGTACAGGGTCATGCCGGCTTCCGGgcgcg > 1:1008806/4‑149 (MQ=255) cGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCa > 2:134325/1‑150 (MQ=255) cTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGTTGCTCACGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACCGGATCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGt > 1:228772/1‑150 (MQ=255) tCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTa > 1:595738/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAg < 1:901089/120‑1 (MQ=255) gATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAg > 2:901089/1‑120 (MQ=255) tgcGCCAGCAGGCCGACAGGGCCGATGAAGTTGTGCTCGGCCGGTTCCCGGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGATGTGGGCGCGGTGTGGTTTTCGCCGATGTCCTGGCCGTACAGTTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGTTATCGCgg < 2:411638/148‑1 (MQ=255) ccGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCggg > 2:981142/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAg < 1:981142/150‑1 (MQ=255) ggCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGtgtg < 2:20957/79‑1 (MQ=255) ggCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGtgtg > 1:20957/1‑79 (MQ=255) gCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGcc > 2:1020604/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTgggg < 1:362950/150‑1 (MQ=255) ggCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTgggg < 2:648022/150‑1 (MQ=255) gCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGc < 1:802375/150‑1 (MQ=255) gATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCGGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTg < 1:544196/84‑1 (MQ=255) gATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCGGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTg > 2:790664/1‑84 (MQ=255) gATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCGGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTg > 2:544196/1‑84 (MQ=255) gATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCGGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTg < 1:790664/84‑1 (MQ=255) gATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAAGAGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGAt > 2:1276898/1‑150 (MQ=255) gcTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCg < 1:799715/92‑1 (MQ=255) gcTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCg > 2:799715/1‑92 (MQ=255) gcTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGa > 1:1204973/1‑150 (MQ=255) ccGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGt > 2:262113/1‑150 (MQ=255) cGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTc < 1:134325/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTga < 1:805141/150‑1 (MQ=255) cAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGTCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTgaag > 2:530329/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTgaagaa < 1:620231/150‑1 (MQ=255) ggCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTgaagaa > 2:651975/1‑150 (MQ=255) gCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGaagaag < 1:1078825/150‑1 (MQ=255) gCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGaagaag < 1:1020604/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGAAGAAGGCCACCg > 2:392406/1‑150 (MQ=255) cAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGAAGAAGGCCACCGcc < 1:392406/150‑1 (MQ=255) | CGCACGACCTGATGGGCGCGCAGTACACCGCGCTCTTCCAGCACCAGACCCACCAGCTTTTCCTGCACGCCGTGCTCGATTTCCGCAAGCAGGCCGACACGGCCGATGAAGTTGCGCTCGGCCGGTTCCCAGGCGATGCTCCAGCCCAGGTTGGAGGTGAGCGGGGTGTGGTTTTCGTCGATGTCCTGGCCGTACAGGTTCATGCCGGCTTCCAGGCGCAGGGTATCGCGGGCGCCCAGGCCGCTTGGGGCGATACCGGCGCCGACCAGGTCGTTGAAGAAGGCCACCGCC > NC_002947/5925305‑5925595 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |