Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 45,680 | C→G | 5.7% | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I ← / ← PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 45,680 | 0 | C | G | 5.7% | 224.9 / 3.6 | 70 | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I/PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/36); new base G (2/2); total (32/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATA > NC_002947/45534‑45816 | cTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGc > 1:148976/1‑150 (MQ=255) ggggTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGc > 2:896382/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCAGTGCCTGGCAtt < 2:148976/150‑1 (MQ=255) aGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAAGCACTAGCTGGCAttcagg > 2:1055662/1‑146 (MQ=255) aaTTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTctct > 1:360189/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTaa > 1:976684/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCAGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTaa < 2:1278494/150‑1 (MQ=255) ctctGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgtt > 1:1063810/1‑150 (MQ=255) ctGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttct > 1:579852/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgtt < 2:360189/150‑1 (MQ=255) aGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgttc > 2:1028835/1‑150 (MQ=255) aGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgttc > 2:592484/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCa > 2:1205680/1‑150 (MQ=255) ggggAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAAt < 2:590122/150‑1 (MQ=255) ggggAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTAGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAAt > 2:185947/1‑150 (MQ=255) ccGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTta < 2:1107566/150‑1 (MQ=255) ccGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTta > 2:721056/1‑150 (MQ=255) cGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTtac < 1:1118656/150‑1 (MQ=255) ggttggCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttct > 2:1140729/1‑125 (MQ=255) ggttggCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttct < 1:1140729/125‑1 (MQ=255) tggCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGa < 2:604561/150‑1 (MQ=255) aTCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACttgttgtt > 1:126882/1‑140 (MQ=255) aTCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACttgttgtt < 2:126882/140‑1 (MQ=255) aTCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGc < 1:896382/150‑1 (MQ=255) aTTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAACATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAAt < 1:721056/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgtt < 1:647583/103‑1 (MQ=255) tGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTaa < 1:592484/150‑1 (MQ=255) gCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAAc < 2:792399/150‑1 (MQ=255) gCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTATGGCCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAAc < 1:1055662/150‑1 (MQ=255) cGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGCGTacctgc < 2:638453/150‑6 (MQ=255) aGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACa < 2:982358/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGt > 1:1217094/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTc > 1:249293/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTc < 1:948859/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCtt < 2:1006515/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCtt > 2:937543/1‑150 (MQ=255) gTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgt < 1:1172534/86‑1 (MQ=255) gTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgt > 2:1172534/1‑86 (MQ=255) gTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGc < 1:1028835/150‑1 (MQ=255) aCATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGa > 1:626186/1‑64 (MQ=255) aCATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGa < 2:626186/64‑1 (MQ=255) aCATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGc < 2:249293/150‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGc < 1:871652/144‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGc > 2:871652/1‑144 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTg < 2:735932/147‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTg > 1:735932/1‑147 (MQ=255) ttCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTg < 2:579852/150‑1 (MQ=255) ggTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAg < 2:1112502/150‑1 (MQ=255) aTCGGGCGTAATAAACAATGCCAGGCTCTGCGTTGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGtc < 2:976684/150‑1 (MQ=255) gCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCaa > 2:887066/1‑150 (MQ=255) cGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAAc < 2:1217094/150‑1 (MQ=255) aataaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGt < 1:1205680/150‑1 (MQ=255) ataaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTg < 1:937543/150‑1 (MQ=255) taaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTgg > 1:351520/1‑150 (MQ=255) aaaaaTGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGAt > 2:963732/1‑150 (MQ=255) taaaTGCCAGGCAGTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGccc < 2:794467/117‑1 (MQ=255) taaaTGCCAGGCAGTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGccc > 1:794467/2‑118 (MQ=255) aaaaTGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGCGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATa > 1:877529/1‑150 (MQ=255) cAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGaa < 1:1033898/78‑1 (MQ=255) cAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGaa > 2:1033898/1‑78 (MQ=255) gCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACa < 2:807765/79‑1 (MQ=255) gCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACa > 1:807765/1‑79 (MQ=255) aCTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGcc < 1:336300/105‑1 (MQ=255) aCTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGcc > 2:336300/1‑105 (MQ=255) | CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATA > NC_002947/45534‑45816 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |