| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,146,618 | C→A | 5.5% | P263P (CCG→CCT) | PP_5392 ← | WD40/YVTN repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,146,618 | 0 | C | A | 5.5% | 229.9 / 2.0 | 72 | P263P (CCG→CCT) | PP_5392 | WD40/YVTN repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/34); new base A (2/2); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
GATGACAGATACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACTG > NC_002947/6146471‑6146765 | gATGACAGATACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGCGCACTCATGCGGTGGGGCACGGTGCCCAGGCTGCTCCGCGTCTGGATATCTACGATGGCGACTCGGTCGTCCgg > 1:542258/1‑150 (MQ=255) gACAGATACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACTATGGAGACTCGGTCGTCCGGAtt > 2:496077/1‑150 (MQ=255) aTACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTAGTCCGGATTCTGGc > 2:357810/1‑150 (MQ=255) tACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGcc < 1:418872/150‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTg > 1:697105/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGccc > 2:181059/1‑150 (MQ=255) cTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTAGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCt > 1:662265/1‑150 (MQ=255) cTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTGGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGt < 2:537241/150‑1 (MQ=255) cTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGt > 2:667079/1‑150 (MQ=255) ttCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTgg > 1:542223/1‑148 (MQ=255) ttCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTgg < 2:542223/148‑1 (MQ=255) aaTATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTcgc > 2:685920/1‑150 (MQ=255) atatTGCCGACAAAAACATAAGCGCCGTCGCTGCTTATGGCCACACCCTGGGCACCCTTGCCGGTGGTCATGGTGTCCAGGCTGCTACGAGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTcgcg < 2:87931/150‑1 (MQ=255) tGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGa < 1:228496/150‑1 (MQ=255) gACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGAc < 1:1116510/150‑1 (MQ=255) gACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCAGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGAc > 2:1102783/1‑150 (MQ=255) aCAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGTCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGa > 2:330952/1‑142 (MQ=255) aCAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGTCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGa < 1:330952/142‑1 (MQ=255) aaaCACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGccc > 1:178048/1‑130 (MQ=255) aaaCACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGccc < 2:178048/130‑1 (MQ=255) aaaCACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTg < 1:667079/150‑1 (MQ=255) aaaCACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCATTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTg > 1:1019877/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTAGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACg < 2:662265/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACTATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGt < 1:496077/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGt > 1:823137/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTg < 1:357810/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCAGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTg > 1:142741/1‑150 (MQ=255) gctgATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCcat < 1:758808/150‑1 (MQ=255) aTGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCatcatc > 2:803578/1‑150 (MQ=255) tGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCt < 1:991454/150‑1 (MQ=255) ccACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGcc < 2:155495/94‑1 (MQ=255) ccACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGcc > 1:155495/1‑94 (MQ=255) cacaCCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGAt > 2:970213/1‑150 (MQ=255) acacCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTggcca < 1:685920/150‑4 (MQ=255) ccATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGc < 2:1053003/150‑1 (MQ=255) cATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCg > 1:110276/1‑150 (MQ=255) ggtctcccTTGCCGGTGGTCACGTTGCCCAGCCTGCTCCGCCTATAGCTACACATCTTTGATACTCAGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTCCACCGGTCCGCGCTATAGTCCTCGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGc < 2:622961/145‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGa < 1:181059/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCATGCGGCCGa > 2:218384/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGAc > 1:110554/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGt > 2:491719/1‑139 (MQ=255) tGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGt < 1:491719/139‑1 (MQ=255) gCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATc < 2:542258/150‑1 (MQ=255) ggtggtCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAAc < 1:970213/150‑1 (MQ=255) gtCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCt < 1:919993/64‑1 (MQ=255) gtCACGGTGCCAAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCt > 2:919993/1‑64 (MQ=255) tCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGc < 1:218384/150‑1 (MQ=255) cACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGcc < 2:110554/150‑1 (MQ=255) cACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGcc < 1:1138425/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCAGGCTGCTGCGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGAt > 1:469266/1‑150 (MQ=255) gTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATc > 2:239108/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCt > 1:374029/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCtt > 2:585462/1‑150 (MQ=255) gctgctACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCtt > 2:522074/1‑135 (MQ=255) gctgctACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCtt < 1:522074/135‑1 (MQ=255) tACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTgg < 2:1019877/150‑1 (MQ=255) 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aCTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGAttt < 1:803578/150‑1 (MQ=255) cGGTCGTCAGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTc < 1:1102783/150‑1 (MQ=255) gtcCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACt > 2:1122055/1‑150 (MQ=255) tcCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACTg > 1:774169/1‑150 (MQ=255) tcCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACTg > 1:790818/1‑150 (MQ=255) tcCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACTg > 1:846348/1‑150 (MQ=255) | GATGACAGATACGGTGCCTGCTTCAATATTGCTGACAAACACATAAGCGCCGTCGCTGCTGATGGCCACACCATGGGCACCCTTGCCGGTGGTCACGGTGCCCAGGCTGCTACGCGTCTGGATATCTACGATGGAGACTCGGTCGTCCGGATTCTGGCCGCTGCCCTGGTTCGCGACATAGACCTGGCGACCGTCAACGGTGGCCATCATCTGGATTGGCGTGCGGCCGACATCAACCTTGCCGATCACCTTGCGTCTGGCCGTGTCGATGATGCCAAGCTGATTTGTCGCACTG > NC_002947/6146471‑6146765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |