| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,231,841 | Δ1 bp | 5.2% | coding (878/1545 nt) | glpD ← | aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,231,841 | 0 | G | . | 5.2% | 368.6 / 13.7 | 115 | coding (878/1545 nt) | glpD | aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/57); new base . (3/3); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CACCGCCGAAGGGTTGTCCGACTCGTCGTTGCACAGCGGCCGAACGCCGGAGTAGGTATGCAGGATGTCGGCTTGGCTCAGTTGGTGGTTGAAGTGCTCGTTGACGACCTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCGCGGCACGATAATGTG > NC_002947/1231693‑1231986 | cACCGCCGAAGGGTTGTCCGACTCGTCGTTGCACAGCGGCCGAACGCCGGAGTAGGTATGCAGGATGTCGGCTTGGCTCAGTTGGTGGTTGAAGTGCTCGTTGACGACCTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACcgc > 2:194360/1‑150 (MQ=255) ccgccgAAGGGTTGTCCGACTCGTCGTTGCACAGCGGCCGAACGCCGGAGTAGGTATGCAGGATGTCGGCTTGGCTCAGTTGGTGGTTGAAGTGCTCGTTGACGACCTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCgg > 1:2628318/1‑150 (MQ=255) cgccgAAGGGTTGTCCGACTCGTCGTTGCACAGCGGCCGAACGCCGGAGTAGGTATGCAGGATGTCGGCTTGGCTCAGTTGGTGGTTGAAGTGCTCGTTGACGACCTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACC‑CGGcc > 2:1167280/1‑150 (MQ=255) 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cTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGc < 1:407074/150‑1 (MQ=255) cTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGc > 2:2854625/1‑150 (MQ=255) gTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGcc > 1:1784263/1‑150 (MQ=255) tgtTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATa < 1:1494976/150‑1 (MQ=255) tgtTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATa > 2:3005398/1‑150 (MQ=255) tgtTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATa < 2:450228/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACa > 1:1845720/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAgg > 1:536391/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATg < 2:784644/99‑1 (MQ=255) tGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGc < 2:915963/117‑1 (MQ=255) tGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGc > 1:915963/1‑117 (MQ=255) tGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGaa > 2:1361053/1‑121 (MQ=255) tGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGgcgc > 1:2644579/1‑150 (MQ=255) gTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCa < 1:936007/55‑1 (MQ=255) gTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCa > 2:936007/1‑55 (MQ=255) gTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCGCGGCACg > 1:902966/1‑150 (MQ=255) gcggCGACC‑CGGCCGCGGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCa < 2:2284358/107‑1 (MQ=255) gcggCGACC‑CGGCCGCGGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCa > 1:2284358/3‑109 (MQ=255) gcggCGACC‑CGGCCGCGGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCGCGGCACGATa > 1:1332044/3‑150 (MQ=255) cGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGa < 2:1045855/65‑1 (MQ=255) cGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGa > 1:1045855/1‑65 (MQ=255) cGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCGCGGCACGATAAtgt < 2:902966/150‑1 (MQ=255) cGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCACGGCACGATAAtgt < 2:2350794/150‑1 (MQ=255) | CACCGCCGAAGGGTTGTCCGACTCGTCGTTGCACAGCGGCCGAACGCCGGAGTAGGTATGCAGGATGTCGGCTTGGCTCAGTTGGTGGTTGAAGTGCTCGTTGACGACCTTCAACAGGTAATGTGTTTCCTGCTCGGTAATGGCGACCGCGGCCG‑GGTCGCCGCTGTATTCCCGGTCAGTGGTGCCGATCAGGGTAAAGCGGTCCAGATACGGGATGCAGAAGACGATGCGCTGGTCTTCATTCTGCAGAATGTAGGCATGTTCGCCTTCATACAGGCGCGGCACGATAATGTG > NC_002947/1231693‑1231986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |