Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,360,337:1 | +G | 7.6% | coding (829/1161 nt) | PP_3835 ← | two‑component system sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,360,337 | 1 | . | G | 7.6% | 529.2 / 37.0 | 132 | coding (829/1161 nt) | PP_3835 | two‑component system sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (61/61); new base G (5/5); total (66/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAACCAGCT > NC_002947/4360188‑4360486 | gAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATc > 1:2139978/1‑150 (MQ=255) gcgcGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGc < 2:1974180/150‑1 (MQ=255) gcgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAt < 2:2681257/150‑1 (MQ=255) cgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAtt < 1:92733/150‑1 (MQ=255) cAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGaa < 1:2691855/150‑1 (MQ=255) cAGTATCTCTGTGGGGATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGaa < 2:2139978/150‑1 (MQ=255) aTCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGaacaac > 1:841539/1‑150 (MQ=255) tctcTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCAACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAacaaca > 2:1431798/1‑150 (MQ=255) tctGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAgg > 2:131460/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGCTGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt > 1:2955043/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt > 2:365527/1‑150 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 2:802579/150‑1 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 1:365527/150‑1 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCAACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 1:1431798/150‑1 (MQ=255) ggTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGc > 2:2503609/1‑150 (MQ=255) ggTATGCCTGCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGc < 1:131460/150‑1 (MQ=255) tATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCaa < 2:451459/150‑1 (MQ=255) tATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACggg > 2:2509696/1‑128 (MQ=255) ccTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACAcc > 1:578588/1‑150 (MQ=255) ccTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACAcc > 2:1131119/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCAt > 1:152810/1‑150 (MQ=255) cgcTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa > 1:515148/1‑150 (MQ=255) cgcTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa < 1:2503609/150‑1 (MQ=255) cccTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa < 2:2825258/148‑1 (MQ=255) tGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAac < 1:645095/137‑1 (MQ=255) ttCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAg < 1:2787299/129‑1 (MQ=255) ttCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGccc > 2:2847847/1‑150 (MQ=255) aCCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCa > 2:532646/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCGCACGACGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATcc > 1:612331/1‑150 (MQ=255) gcgcACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCAACTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTc < 2:1832990/150‑1 (MQ=255) gcACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa > 2:1983161/1‑129 (MQ=255) gcACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa < 1:1983161/129‑1 (MQ=255) aCGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATc > 1:310020/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATc > 2:2991171/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCAtgg < 2:1701527/97‑3 (MQ=38) aaGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAAc < 2:612331/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAAc < 1:2991171/150‑1 (MQ=255) ccttcagcccttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGt > 2:169637/1‑150 (MQ=255) ccttcagcccttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGt > 1:2182173/1‑150 (MQ=255) ttcagcccttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGa < 2:2233645/88‑1 (MQ=255) agcccttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt > 2:1001084/1‑95 (MQ=255) agcccttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt < 1:1001084/95‑1 (MQ=255) cttcaACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGACATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgca > 1:1658612/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAaca > 2:1307569/1‑150 (MQ=255) ttagCCGGACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGCCTATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGCCCGGTTGCAGCAacac > 2:1375722/4‑150 (MQ=255) tCGACGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCCTCGATGTCATC‑ACGGGCATTGAACAATATGTTGAGCAACACCCTCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACAcc < 2:1493797/150‑1 (MQ=255) ccGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTc > 1:1363776/1‑150 (MQ=255) gAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCaa < 1:1222876/150‑1 (MQ=255) aacaacTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgca > 2:1394647/1‑136 (MQ=255) acaacTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGt < 2:152810/150‑1 (MQ=255) cTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCt > 2:1717298/1‑140 (MQ=255) cTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCt < 1:1717298/140‑1 (MQ=255) tCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAg < 2:112498/119‑1 (MQ=255) tCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAg > 1:112498/1‑119 (MQ=255) tCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATc > 1:619203/1‑150 (MQ=255) cacaTCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATc > 2:971235/1‑145 (MQ=255) cacaTCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATc < 1:971235/145‑1 (MQ=255) cacaTCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCt > 2:466537/1‑150 (MQ=255) acaTCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCtt < 1:845344/150‑1 (MQ=255) catcgacgggcatggccgcatcagcctgactgtcgatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTg > 1:2252104‑M2/39‑150 (MQ=255) CATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTg > 1:2143761‑M1/1‑150 (MQ=255) atcgacgggcatggccgcatcagcctgactgtcgatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgc > 2:3043620‑M2/38‑121 (MQ=255) ATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGt > 2:182880‑M1/1‑118 (MQ=255) ATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGt < 1:182880‑M1/118‑1 (MQ=255) TCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACAcc < 2:408247‑M1/72‑1 (MQ=255) GACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTggcga < 1:2803441‑M1/150‑3 (MQ=255) aGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGc < 2:619203/150‑1 (MQ=255) tCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa > 2:1790703/1‑72 (MQ=255) tCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa < 1:1790703/72‑1 (MQ=255) tCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATc > 1:1266923/1‑134 (MQ=255) tCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATc < 2:1266923/134‑1 (MQ=255) tCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCAt < 1:1307569/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATg < 1:2847847/150‑1 (MQ=255) gCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTc < 1:1109368/150‑1 (MQ=255) cTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCa > 2:1071809/1‑150 (MQ=255) tGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAAAAACTTCAAGTCAATCGCGCTTGGCAATGCATGTTCaa < 2:894898/150‑1 (MQ=255) tGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCa > 1:2207816/1‑150 (MQ=255) ggCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGc > 2:2209574/1‑150 (MQ=255) ggCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGc < 2:2737356/150‑1 (MQ=255) gCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgca < 2:2159197/101‑1 (MQ=255) ccATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCa > 1:2562218/1‑150 (MQ=255) ccATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTAAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCa > 1:1696456/1‑145 (MQ=255) aaTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCaa < 1:1478914/111‑1 (MQ=255) aaTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGCCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAc > 2:1261641/2‑150 (MQ=255) aTGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAcg > 1:2497227/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgc > 2:592243/1‑97 (MQ=38) gtcgatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGCCCCATACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGc < 2:1492595‑M2/143‑1 (MQ=255) gtcgatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAGCACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGc > 1:1779119‑M2/8‑150 (MQ=255) gtcgatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGc < 2:773330‑M2/143‑1 (MQ=255) gatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGa > 2:1229659‑M2/5‑68 (MQ=255) gatgGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGa < 1:1229659‑M2/64‑1 (MQ=255) gGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAc < 2:839905‑M2/149‑1 (MQ=255) gGCATC‑ACGGACATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAc < 2:1658612‑M2/149‑1 (MQ=255) aTC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAACCAg < 1:466537/150‑1 (MQ=255) tC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATc > 1:2955335/1‑63 (MQ=255) tC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATc < 2:2955335/63‑1 (MQ=255) tC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAc > 1:1846528/1‑133 (MQ=255) tC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAc < 2:1846528/133‑1 (MQ=255) tC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAACCAGc > 2:2715114/1‑150 (MQ=255) c‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAACCAGct < 1:2209574/150‑1 (MQ=255) | GAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAACCAGCT > NC_002947/4360188‑4360486 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |