| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,165,419:1 | +A | 6.7% | coding (2509/3906 nt) | hrpA ← | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,165,419 | 1 | . | A | 6.7% | 473.3 / 27.1 | 119 | coding (2509/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (50/61); new base A (4/4); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGA > NC_002947/5165270‑5165568 | cGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACCGCTTCGCGGGCGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTcgcg < 2:858977/150‑1 (MQ=255)cGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTcgcg < 2:3010060/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCg‑g < 1:2567181/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCg‑g < 1:350635/150‑1 (MQ=255) cAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGc < 2:2393414/150‑1 (MQ=255) cGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCAc < 1:193465/150‑1 (MQ=255) cAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtc < 1:3061301/150‑1 (MQ=255) cAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGGCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaagt < 2:1477552/150‑6 (MQ=255) tgacGGTGCGGGTGCCGGCACCGTGCCACCATCGGGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGTG‑GGCCAGCACGtcctc > 2:508271/4‑150 (MQ=255) aGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctcc > 1:772473/1‑150 (MQ=255) cGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTACATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCAAGCG‑GGCCAGACCGtcctccct < 2:821403/150‑3 (MQ=255) ggTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcg < 2:2419800/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgc > 2:200561/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGCCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgc < 2:2396572/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgcg < 2:2529793/150‑1 (MQ=255) gCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATcagca < 1:1293615/150‑1 (MQ=255) ccccGTCACGCCACGACGGGGGTGGCCGGGCATGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATcagcag < 2:387388/148‑1 (MQ=255) gTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTg > 1:1299438/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATa < 2:280930/134‑1 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTg < 1:2986572/52‑1 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTg > 2:2986572/1‑52 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 2:313094/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 2:320813/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 2:1539397/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 2:1657943/1‑150 (MQ=255) gtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttct > 1:1831635/3‑150 (MQ=255) cGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTa < 2:47861/83‑1 (MQ=255) cGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTa > 1:47861/1‑83 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 1:1657943/150‑1 (MQ=255) ggCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTc < 1:320813/150‑1 (MQ=255) gCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGgc < 1:911974/115‑1 (MQ=255) gCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGgc > 2:911974/1‑115 (MQ=255) gCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCa < 2:1656185/150‑1 (MQ=255) cTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCg > 1:1791931/1‑66 (MQ=255) cTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc > 1:2198579/1‑144 (MQ=255) cTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 2:2198579/144‑1 (MQ=255) tCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGcc > 2:235805/1‑150 (MQ=255) cgcg‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCa < 2:2396835/150‑1 (MQ=255) g‑ggCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGa > 2:1128614/1‑150 (MQ=255) | CGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGA > NC_002947/5165270‑5165568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |