| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | NC_002947 | 4,978,181 | Δ9 bp | 25.0% | coding (456‑464/696 nt) | flgH ← | flagellar L‑ring protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4978180 | 85 (0.740) | 29 (0.250) | 25/244 | NT | 25.0% | coding (465/696 nt) | flgH | flagellar L‑ring protein |
| ? | NC_002947 | 4978190 = | 89 (0.780) | coding (455/696 nt) | flgH | flagellar L‑ring protein | |||||
CGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4978047‑4978180‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGT > NC_002947/4978190‑4978329 CGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGG < 1:2511914/150‑1 GCCAGACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTG < 2:564577/150‑1 GGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAAC < 1:1185906/142‑1 GGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAAC > 2:1185906/1‑142 TCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTG < 2:2986339/150‑1 ATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCG > 1:1298248/1‑150 ATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCG > 1:466206/1‑150 GCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGGTCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTG > 1:2039831/1‑138 GCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTG < 2:2039831/138‑1 ACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGGTCGCCGCTATAA > 2:2892475/1‑150 ACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAA > 1:2111412/1‑150 ACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATC < 1:3051544/84‑1 ACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATC > 2:3051544/1‑84 CAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGAT > 2:1332722/1‑81 CAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGAT < 1:1332722/81‑1 GCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGC > 1:2152361/1‑130 GCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGC < 2:2152361/130‑1 TCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCC < 2:64729/150‑1 TTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTC > 1:816178/1‑150 GGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACC > 1:339132/1‑150 TCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGC < 1:1160254/150‑1 CCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACGGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGAACGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGATCACCGCCACC > 2:1180306/1‑150 CTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAA < 2:816178/150‑1 tcaTCGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAAC > 1:572684/4‑150 TTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAAC < 1:1850344/150‑1 TCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACG > 2:2559120/1‑150 CACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATT > 2:241949/1‑147 CACGGCGATGATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATT < 1:241949/147‑1 GATGCCGTTGTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACTGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGT < 1:292462/150‑1 CGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4978047‑4978180‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGT > NC_002947/4978190‑4978329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |