New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5704565 = | 102 (0.890) | 7 (0.080) | 6/192 | NT | 10.4% | intergenic (+34/+78) | PP_5006/PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
? | NC_002947 | 5704628 = | 41 (0.460) | intergenic (+97/+15) | PP_5006/PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5704737‑5704565 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttgtaggagcgggtttacccgcgaaGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG > NC_002947/5704628‑5704776 GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTT < 1:436262/150‑1 GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTT < 1:393657/150‑1 GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTT < 1:1624142/150‑1 CTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTA < 1:504935/150‑1 GCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAG > 1:2905479/1‑150 CCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGC < 2:2556078/150‑1 tgtatctACCACAGCACCGGCCACTGCCGCCCACGCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGG < 2:1272797/143‑1 TGCAGCGACCACAGCACCGGCCACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGG < 2:1012546/150‑1 ACCACAGCACCGGCAACTGTCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACC < 2:2238939/150‑1 ACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGAGGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACC > 2:246229/1‑150 CCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCC < 1:2829823/150‑1 CACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCG > 2:1845457/1‑150 CACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCG < 2:2905479/150‑1 ACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTGGCGTGTAAACCCGCTACTACAAGATACGCCAAACCTCGTAGTCGCGGGCTTACGCGC > 2:1341163/1‑150 ACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC < 1:246229/150‑1 GCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGA > 2:1190723/1‑127 GCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGA < 1:1190723/127‑1 CCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTA > 2:50426/1‑117 CCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTA < 1:50426/117‑1 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGG > 1:1345003/1‑51 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGG < 2:1345003/51‑1 ACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTG > 2:692198/1‑150 CCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGC > 1:2730485/1‑150 CCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGG < 2:1586324/118‑1 CCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGG > 1:1586324/1‑118 TACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGT < 1:2950743/57‑1 TACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGT > 2:2950743/1‑57 GATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTG > 2:1509778/1‑150 TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGC < 2:2501085/150‑1 TAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCG < 2:234154/105‑1 TAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCG > 1:234154/1‑105 AGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTT < 2:2987145/150‑1 GCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTG > 2:606277/1‑150 GCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGC < 2:944931/120‑1 GCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGC > 1:944931/1‑120 CGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGG < 1:692198/150‑1 GGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGC < 1:1115785/150‑1 GGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCC > 1:1808039/1‑150 GTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGGCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCG > 1:2680071/1‑150 GTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCG > 1:2757555/1‑150 GTTTACCCACGAAGAAGGCGACGCGGTAGCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGTAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCG > 1:1952142/1‑150 TTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGC < 2:588100/150‑1 ttgcctGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGGTGGTTTGGCCGCg < 2:285439/144‑2 CCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGT > 2:256547/1‑129 CCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGT < 1:256547/129‑1 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGGCGGCGTGCTGCTGGCCGGGGGGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCG > 2:2347835/1‑150 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCG > 2:2736890/1‑150 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTG < 2:1688030/129‑1 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTG > 1:1688030/1‑129 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCT > 2:725250/1‑104 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCT < 1:725250/104‑1 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGC > 2:21107/1‑94 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGC < 1:21107/94‑1 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGGGGCGGCAGTTGCCGTTGCTGTGGTCGCGGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCG > 2:1630403/1‑150 GAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTT < 1:2736890/150‑1 GAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTT < 1:1012546/150‑1 AGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG > 1:421944/1‑150 GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5704737‑5704565 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttgtaggagcgggtttacccgcgaaGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG > NC_002947/5704628‑5704776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |