| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2063227 | 50 (0.440) | 15 (0.160) | 12/194 | NT | 24.8% | intergenic (+41/‑166) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 2063271 | 51 (0.560) | intergenic (+85/‑122) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTT > NC_002947/2063084‑2063373 | ggACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg < 2:2675622/150‑1 (MQ=255)ggACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg < 1:1778054/150‑1 (MQ=255)ggACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg < 1:663435/150‑1 (MQ=255) gACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAgg < 1:143193/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGc < 2:2646844/150‑1 (MQ=255) cTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTc < 2:405851/150‑1 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccg > 1:694160‑M1/1‑127 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATCACCACGCGTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 1:1695103/1‑150 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGACAATTTGCGGGCGCGACCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccg > 2:1871893‑M1/1‑127 (MQ=255) agaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAc < 2:832247/150‑1 (MQ=255) agaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAc < 1:279642/150‑1 (MQ=255) agCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATACCACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccct < 1:1871893‑M1/150‑30 (MQ=255) gCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGc > 1:1474610/1‑133 (MQ=255) gCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGc < 2:1474610/133‑1 (MQ=255) tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTtgtg < 2:1828683/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAg < 1:1180348/150‑1 (MQ=255) aGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAgg < 1:1252346/150‑1 (MQ=255) cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGGTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgc < 2:512100‑M1/150‑39 (MQ=255) gTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGAGTGGTGCACTGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTcc < 2:1618505/150‑1 (MQ=255) tataTCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcct < 2:2457712‑M1/150‑41 (MQ=255) tataTCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCt < 1:512755/150‑1 (MQ=255) tataCCCAGACCGCCACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCCGGGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAATCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGGCCTTGTGCAGGTCCt < 2:2700032/150‑1 (MQ=39) tatCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCtgt < 1:1167118/150‑1 (MQ=255) tCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGGTGCAGGGCTGCCCATTCGCGTGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc < 1:2675762/150‑1 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCt > 1:1236598/1‑145 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCt < 2:1236598/145‑1 (MQ=255) cAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTc > 1:1033841/1‑126 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCtg > 1:2253379/1‑144 (MQ=255) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGGGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagc > 2:442842‑M1/1‑102 (MQ=255) aCCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGGGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcg < 1:442842‑M1/150‑50 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcggg < 2:694160‑M1/150‑52 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgg < 2:259638‑M1/149‑51 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgg > 1:259638‑M1/1‑99 (MQ=255) gcgAACAAGCGCATGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggc < 2:666390‑M1/150‑53 (MQ=255) gACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcg < 1:1368305‑M2/145‑6 (MQ=255) gACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcg > 2:1368305‑M2/1‑140 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGca < 2:2063537/108‑1 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGca > 1:2063537/1‑108 (MQ=255) tgGATAACCCCGCCGGCGTGATACAAGGAACCCTGAAGTCACCCGGGGCCGAGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCTTTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggc > 2:1695103‑M2/1‑126 (MQ=255) tgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcg > 1:1502944‑M1/1‑82 (MQ=255) 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< 2:1657813/128‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTc > 1:1657813/1‑128 (MQ=255) ccactcgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgt > 1:819644‑M1/4‑6 (MQ=255) ccactcgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgt < 2:819644‑M1/105‑103 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcg > 1:259638‑M2/1‑50 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcg < 2:259638‑M2/149‑100 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggt > 1:1375763‑M2/1‑50 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggt < 2:1375763‑M2/124‑75 (MQ=255) cGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtc > 2:1368305‑M1/1‑5 (MQ=255) cGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtc < 1:1368305‑M1/145‑141 (MQ=255) cGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatcca > 1:1502944‑M2/1‑49 (MQ=255) cGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatcca < 2:1502944‑M2/131‑83 (MQ=255) cGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccccaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggt < 1:442842‑M2/150‑102 (MQ=255) gCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccccaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggtc > 2:442842‑M2/1‑48 (MQ=255) gCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGtt > 2:2526935/1‑150 (MQ=255) | GGACCAGCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTT > NC_002947/2063084‑2063373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |