| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2954698 | 42 (0.370) | 16 (0.170) | 10/196 | NT | 31.1% | intergenic (‑158/‑123) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 2954716 | 37 (0.400) | intergenic (‑176/‑105) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACA > NC_002947/2954551‑2954846 | aGGGATGCAGGACGCCGCGGCAGGCGAGCAGGCGCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGAcaca < 1:650214/150‑1 (MQ=255) aGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGAcaca < 1:650563/150‑1 (MQ=255) cAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgt < 1:1631562‑M1/150‑15 (MQ=255) aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGc > 1:1401952/1‑150 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGccc > 1:2947773/1‑147 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGccc < 2:2947773/147‑1 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgc < 2:2485771‑M2/150‑3 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgc > 1:1790716‑M2/1‑148 (MQ=255) gcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctca > 2:387815‑M1/1‑127 (MQ=255) cgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcac > 2:2328862‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCTCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcacc > 1:114603‑M2/1‑143 (MQ=255) gCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaa < 1:387815‑M1/150‑31 (MQ=255) gCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaa > 1:2179650‑M2/1‑138 (MQ=255) cGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATACTCCCACGGCGCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaag < 1:1963537‑M1/150‑32 (MQ=255) gAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagg > 1:2508330‑M2/1‑136 (MQ=255) gAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagg > 1:2508315‑M2/1‑136 (MQ=255) cAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACATCGCCCGTGCCCGgctcaccccaaagggtg < 1:1542407‑M2/150‑18 (MQ=255) tCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattcc < 1:2265359‑M2/150‑23 (MQ=255) tCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaag < 2:762929‑M1/140‑32 (MQ=255) tCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcacaccaaag > 1:762929‑M1/1‑109 (MQ=255) cgcgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccg > 1:1053583‑M2/1‑127 (MQ=255) gcgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgg > 2:1401952‑M2/1‑126 (MQ=255) gACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTg < 2:1542407/150‑1 (MQ=255) 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gcTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggt > 2:1244384‑M2/1‑79 (MQ=255) gTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCggggcaagggct > 1:3071018‑M1/1‑51 (MQ=255) gTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCggggcaagggct < 2:3071018‑M1/63‑13 (MQ=255) gATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACt > 2:2010081/1‑150 (MQ=255) ccAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgc < 1:2924146‑M2/61‑3 (MQ=255) ccAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgc > 2:2924146‑M2/1‑59 (MQ=255) acCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaa > 2:922907‑M1/1‑37 (MQ=255) acCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaa < 1:922907‑M1/67‑31 (MQ=255) 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1:1542407‑M1/150‑134 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttc > 1:1586520‑M1/1‑16 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttc < 2:1586520‑M1/108‑93 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagc > 2:1244384‑M1/1‑16 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagc < 1:1244384‑M1/95‑80 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGa < 2:1357984/77‑1 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGa > 1:1357984/1‑77 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCa > 1:1728679/1‑130 (MQ=255) 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ccTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctc > 1:2508315‑M1/1‑14 (MQ=255) cTTTGGTGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcga > 1:762929‑M2/1‑31 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcga < 2:762929‑M2/140‑110 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagcgccgtgggagtatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcg < 1:1963537‑M2/150‑120 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgag > 1:2071479‑M2/1‑31 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgag < 2:2071479‑M2/100‑70 (MQ=255) 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ggTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaa > 1:981333‑M1/1‑7 (MQ=255) ggTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgagagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgcc > 1:114603‑M1/1‑7 (MQ=255) ggTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTgg < 2:2803231/96‑1 (MQ=255) ggTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTgg > 1:2803231/1‑96 (MQ=255) gTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccg > 2:2328862‑M1/1‑6 (MQ=255) tGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcga > 2:1183193‑M2/1‑23 (MQ=255) tGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcga < 1:1183193‑M2/90‑68 (MQ=255) tGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgc > 2:387815‑M2/1‑23 (MQ=255) gAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgct < 1:2145909‑M2/86‑65 (MQ=255) gAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgct > 2:2145909‑M2/1‑22 (MQ=255) gCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgcggt > 1:1790716‑M1/1‑2 (MQ=255) gCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgcggt < 2:2485771‑M1/150‑149 (MQ=255) gCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgg > 2:2924146‑M1/1‑2 (MQ=255) gCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgg < 1:2924146‑M1/61‑60 (MQ=255) gCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACa > 2:480861/1‑150 (MQ=255) | TGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCAC‑ACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACA > NC_002947/2954551‑2954846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |