New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3775020 = | 144 (1.260) | 7 (0.060) | 5/230 | NT | 5.1% | intergenic (‑4/+47) | PP_3335/PP_3336 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 3775055 = | 126 (1.170) | intergenic (‑39/+12) | PP_3335/PP_3336 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTGACGAAGCTGCGGGCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGGCAGCACAGG > NC_002947/3774874‑3775168 | ttGACGAAGCTGCGGGCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAgg > 1:2912307/1‑150 (MQ=255) tgcctctttgattctggccgcctttgccctgcctgtgctgcctgtcgaccagcaacccgctgttctggtgcattcgccccggcactgctggccgtcgatcaacccccgtgcctccccgaaagtgatcgcctgacctgcaaggaccCAGGc > 1:1689909‑M1/146‑150 (MQ=255) gggCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCt > 1:72226/1‑150 (MQ=255) gCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCttt > 1:1333098/1‑150 (MQ=255) gCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGAACAGGGAATGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCGATCGGCAGGCCGACGCCCCGCttt > 2:576268/1‑150 (MQ=255) aGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCggg > 2:327672/1‑150 (MQ=255) ggggTACACGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGGGCGACGGGCGAATGGAGGGCTCCTGCAACGCTGTAGCCGTCAGGGTACGAGACATCTTGTGCTGCTGGGTGCGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCgggg > 2:2651895/1‑149 (MQ=255) gggTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTg > 1:1639503/1‑150 (MQ=255) tAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGCTATGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCgg > 1:192441/1‑150 (MQ=255) tCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCt < 2:2912307/150‑1 (MQ=255) tCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGCGCGGCCt > 1:1497579/1‑150 (MQ=255) catgtgctgcctttctaccatcaacccgctgttctggtgcattcgccccggcactgctggccgtcgatcaacccccgtgcctccccgaaagtgatcgcctgacctgcaaggaccCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTgg > 2:2951778‑M1/115‑150 (MQ=255) ggAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTggg > 1:2247065/1‑150 (MQ=255) aaaCGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTc < 1:775042/150‑1 (MQ=255) aaCGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTcc < 1:477768/150‑1 (MQ=255) cGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCtt < 2:932304/150‑1 (MQ=255) ggCAACATGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTg < 2:2228367/150‑1 (MQ=255) ggCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTg > 1:354673/1‑150 (MQ=255) 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ggAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCa < 2:1658959/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAg < 2:1070252/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAg > 2:362065/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGa > 2:158870/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTg > 1:1762933/1‑128 (MQ=255) gCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTg < 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tgtgCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGa < 2:1688877/83‑1 (MQ=255) tgtgCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGa > 1:1688877/1‑83 (MQ=255) tgtgCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGc < 1:824721/150‑1 (MQ=255) tgtgCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGc < 2:354673/150‑1 (MQ=255) gtgCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCttt > 2:717189/1‑46 (MQ=255) tCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCa < 1:1009218/135‑1 (MQ=255) tCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCa > 2:1009218/1‑135 (MQ=255) cGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGc < 2:1936426/150‑1 (MQ=255) ggggTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCGGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGCGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCt > 1:2473588/1‑150 (MQ=255) ggTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTgg < 2:2062566/150‑1 (MQ=255) ggCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGAc > 1:1991014/1‑150 (MQ=255) gCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAAGGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACa > 1:2294195/1‑150 (MQ=255) tAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTcc < 2:2869350/50‑1 (MQ=255) tAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAgg < 2:848145/150‑1 (MQ=255) aGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGTTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGgc < 1:31585/150‑1 (MQ=255) aGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGgc < 2:1333098/150‑1 (MQ=255) cATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGgcagc > 1:195682/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGa < 2:2935530/72‑1 (MQ=255) cGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGGCAGcaca < 2:2472447/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGACGCCCCGCCTGTTGCGGGTGCTGCCTGGTTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGGCAGCAcag < 1:158870/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGGCAGCAcagg < 1:2353456/150‑1 (MQ=255) | TTGACGAAGCTGCGGGCATTGCAGGGGTAATCGGGAAACGGCAACAGGAAGTCGCCAGTGCGCGACGGGCGAACGGAGGGCTCCAGCAACGCTGAAGCGTTCAGGGTACGAGACATCGTGTGCTCCGGGGTACGGCTAGCCATCGGCAGGCCGACGCCCCGCTTTTAGCGGGTGCGGCCTGGGTCCTTGCAGGTCAGGCGATCACTTTCGGGGAGGCACGGGGGTTGATCGACGGCCAGCAGTGCCGGGGCGAATGCACCAGAACAGCGGGTTGCTGGTCGACAGGCAGCACAGG > NC_002947/3774874‑3775168 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |