New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4033402 = | 167 (1.460) | 11 (0.100) | 11/238 | NT | 6.4% | coding (996/1008 nt) | PP_3555 | transmembrane sensor |
? | NC_002947 | 4033426 = | 158 (1.420) | intergenic (+12/+2) | PP_3555/PP_3556 | transmembrane sensor/membrane protein |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGG > NC_002947/4033253‑4033550 | ccggcctcggactcgaccctgggcccgacctcgggcctgaacgtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggc > 2:1207753‑M1/150‑150 (MQ=255) ccggcctcggactcgaccctgggcccgacctcgggcctgaacgtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggc < 2:893855‑M1/1‑1 (MQ=255) cAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCaa > 1:911932/1‑150 (MQ=255) aGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAg < 1:1883969/150‑1 (MQ=255) cACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCTGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACTGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAggg < 2:2130536/150‑1 (MQ=255) tcgaccctgggcccgacctcgggcctgaacgtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggcgg > 2:1323226‑M1/138‑140 (MQ=255) ggCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAgg < 1:2944554/145‑1 (MQ=255) gCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑cccc > 1:673058/1‑150 (MQ=255) 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gcctgaacgtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAgg > 1:2527683‑M1/116‑149 (MQ=255) tACCACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCGCAACGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCa < 1:1360313/150‑1 (MQ=255) aacgtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACaa > 1:1212630‑M1/111‑142 (MQ=255) gtggatggccagcaccaccacatctgggacaccgtggtgcccaccttcatccattacaacctgccgttgatggcgttcggctggttggcagcgatgaccttgtaaggCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGc < 2:1267720‑M1/25‑1 (MQ=255) acCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTg > 1:37223/1‑150 (MQ=255) 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gcgcCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAAc > 2:1877227/1‑150 (MQ=255) gcCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGc > 1:2595553/1‑150 (MQ=255) gcCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGc > 2:1818754/1‑150 (MQ=255) cTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGc < 2:102446/114‑1 (MQ=255) cTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGc > 1:102446/1‑114 (MQ=255) cTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCa > 2:1415903/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATgtggtgg < 1:2296038/145‑1 (MQ=255) ccGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTg < 1:453984/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTg < 2:2253048/150‑1 (MQ=255) aaTCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAg > 1:1814936/1‑107 (MQ=255) aaTCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATAAAGGTACGCAATACGTTGAGCCATGTGTGGGGTTGCTGGCCATCCa > 2:807831/1‑150 (MQ=255) aTCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCAc < 1:866290/150‑1 (MQ=255) tCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACg > 1:842557/1‑150 (MQ=255) cGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGt < 2:863985/150‑1 (MQ=255) gCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGtt < 2:911932/150‑1 (MQ=255) cATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTc < 1:660179/150‑1 (MQ=255) aTCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAAc > 2:268405/1‑71 (MQ=255) tctcGCCGCCGCCCGCCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCat < 1:595191/64‑2 (MQ=255) tctcGCCGCCGCCCGCCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAg > 2:595191/1‑64 (MQ=255) tcGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAg < 2:2611079/82‑1 (MQ=255) tcGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGc > 1:2346001/1‑150 (MQ=255) tcGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCACTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGc > 2:2964964/1‑150 (MQ=255) gccgccgccCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGccc > 1:1683952/1‑150 (MQ=255) gccgccCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAg < 2:2878452/150‑1 (MQ=255) gccgccCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAg > 2:882255/1‑150 (MQ=255) gccCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTc > 2:1445228/1‑150 (MQ=255) ccGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCgg < 1:1079244/150‑1 (MQ=255) | GATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGGGGCGCCTGGTCAACAACCTGCCCAAAGTCCTGCCGGTCTACCTGACCCGCAGCAAGGACGGCAGCACCGTGCTCAATCGCATCTCGCCGCCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCT‑CCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGG > NC_002947/4033253‑4033550 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |