New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4159113 = | 83 (0.730) | 9 (0.090) | 9/218 | NT | 11.2% | intergenic (+17/‑192) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4159201 = | 68 (0.660) | intergenic (+105/‑104) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GGGCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGG > NC_002947/4158964‑4159261 | gggCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGC > 2:1066152‑M1/1‑150 (MQ=255) ggCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCT > 2:2913181‑M1/1‑150 (MQ=255) gCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCTATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTG < 1:2985391‑M1/150‑1 (MQ=255) gCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTG < 2:2471264‑M1/150‑1 (MQ=255) aTGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTATCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCT > 1:2627188‑M1/1‑150 (MQ=255) aTGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCT > 2:1817630‑M1/1‑150 (MQ=255) ggggctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTc < 2:788439‑M1/7‑1 (MQ=255) ggctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgttgacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTcgc < 2:1406398‑M1/9‑1 (MQ=255) agaCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC < 2:1888923‑M1/150‑1 (MQ=255) ctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgttgacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCgg > 1:1406398‑M1/140‑150 (MQ=255) ctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCgg > 1:2673409‑M1/140‑150 (MQ=255) ctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCgg > 1:46206‑M1/140‑150 (MQ=255) ctgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCgg < 2:342605‑M1/11‑1 (MQ=255) ctgacggatgcagtgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacacccaaataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaatccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCgg > 1:993988‑M1/140‑150 (MQ=255) caccgcTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGG > 1:2891425‑M1/3‑150 (MQ=255) tgacggatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCggg < 1:1800949‑M1/12‑1 (MQ=255) ccGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGtt > 1:287388‑M1/1‑148 (MQ=255) ggatgcagtgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCGGGTaaa > 2:687782‑M1/135‑150 (MQ=255) tCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAAcc < 1:2152326/150‑1 (MQ=255) tCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGACTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAAcc < 2:2204842/150‑1 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC < 1:1851630‑M1/138‑1 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC > 2:1851630‑M1/1‑138 (MQ=255) ttgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 2:1610594‑M1/23‑1 (MQ=255) ttCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:2166279/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa < 2:1239644/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa > 2:1923246/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAgg > 1:1086893/1‑150 (MQ=255) aGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg < 2:33760/150‑1 (MQ=255) cgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggtgggt > 1:717246‑M1/116‑150 (MQ=255) ggCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGtgctg < 2:620707/150‑1 (MQ=255) cggggtagcgcTAGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGtgctgc < 1:2484171/143‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGcc < 1:1125323/150‑1 (MQ=255) cTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACg < 2:355222/150‑1 (MQ=255) cTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACg < 1:2375071/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACgg > 1:1540903/1‑150 (MQ=255) ccACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCaa < 2:2878478/150‑1 (MQ=255) cACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAg < 2:2067735/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGATTGGAGACCGAGTCGGCGGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGGAGACGGCAAGGc < 1:2680212/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGACAAGGc < 2:2939466/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTATCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGcc < 2:2627188/150‑1 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTa < 1:243833/150‑1 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGC > 2:1549617‑M1/1‑87 (MQ=255) gtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAg > 2:1800949‑M1/86‑150 (MQ=255) tCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccccctgtagg > 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aGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTACTTCGCGGGTAAACNCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAg < 1:1225125/98‑1 (MQ=255) gAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGccc > 2:3032842/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCacc < 1:1247507‑M2/107‑4 (MQ=255) gTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa > 1:1882621/1‑72 (MQ=255) ttGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 1:2794867/84‑1 (MQ=255) gaaaaaccttgagaccgagctgcCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc > 1:384009‑M1/24‑82 (MQ=255) gCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg > 1:340801/1‑92 (MQ=255) gACTGGAGCCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTc < 2:1540903/150‑1 (MQ=255) gagaCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg < 2:2114480/46‑1 (MQ=40) gagaCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg > 1:2114480/1‑46 (MQ=40) cGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctg > 2:1402882‑M1/1‑21 (MQ=255) cGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtctc > 2:180719/1‑150 (MQ=255) aGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCgg < 1:1770375/150‑1 (MQ=255) gTCGGCTGCTTCGCGGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtt < 1:2326098‑M1/79‑62 (MQ=255) gTCGGCTGCTTCGCGGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtt > 2:2326098‑M1/1‑18 (MQ=255) tCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGt > 2:290072/1‑102 (MQ=255) cGGCTGCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAt < 1:1428161/150‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCa > 2:1590014‑M2/1‑76 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCa < 1:1590014‑M2/77‑2 (MQ=255) | GGGCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGG > NC_002947/4158964‑4159261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |