| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5981456 = | 133 (1.160) | 11 (0.110) | 7/220 | NT | 8.9% | coding (2045/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | 5981491 = | 104 (1.010) | coding (2080/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAGGCCGCTG > NC_002947/5981343‑5981638 | cTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGc < 2:1681670/150‑1 (MQ=255) tGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGgtgt > 2:1434763/1‑150 (MQ=255) tGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGgtgt > 2:2232017/1‑150 (MQ=255) aCCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGCGGGgttgtt > 1:1232008/1‑150 (MQ=255) aCCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTgttgtt < 2:1050567/150‑1 (MQ=255) cGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCCGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGACCGCACGAGGTGTTGTTCg > 1:879891/1‑150 (MQ=255) gggCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGa < 2:2524423/150‑1 (MQ=255) gggCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCACTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGa < 2:896212/150‑1 (MQ=255) cAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCAc > 1:2813123/1‑132 (MQ=255) cAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCAc < 2:2813123/132‑1 (MQ=255) aGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGa < 2:1977483/133‑1 (MQ=255) aGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGa > 1:1977483/1‑133 (MQ=255) gAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTc < 2:759231/142‑1 (MQ=255) gAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTc > 1:759231/1‑142 (MQ=255) gCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCTTCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCgccagcc < 1:2339647/150‑1 (MQ=255) gCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGa > 1:391755/1‑139 (MQ=255) gCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGa < 2:391755/139‑1 (MQ=255) ttGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGccagccag > 1:633958/1‑150 (MQ=255) cTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCt < 1:748908/147‑1 (MQ=255) cACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCCTGCACCAACACGACCCTCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAAcg > 1:1911642/1‑150 (MQ=255) aCTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAAcgc < 1:1347056/150‑1 (MQ=255) tCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGTCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTc < 2:2835941/124‑1 (MQ=255) tCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGTCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTc > 1:2835941/1‑124 (MQ=255) tCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACgcgc < 2:2589892/150‑1 (MQ=255) tCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTAGACCGGGCGACAGAACGAGGGTTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACgcgc > 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tGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGt < 1:2272788/150‑1 (MQ=255) gAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGttt < 2:2131048/150‑1 (MQ=255) gAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGttt > 2:939631/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCACCGCACTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTg < 1:939631/150‑1 (MQ=255) cGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGtgttgt < 2:1621016/101‑1 (MQ=255) cGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAAcg < 2:1145194/126‑1 (MQ=255) 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ttATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGa < 2:1936773/150‑1 (MQ=255) tGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGtgtt < 2:2672401/93‑1 (MQ=255) tGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGtgtt > 1:2672401/1‑93 (MQ=255) gCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGTGGGTTTGCAGCGGATGAc > 1:1763335/1‑150 (MQ=255) cACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGTGGGTTTGCAGCGGATGACt < 2:1763335/150‑1 (MQ=255) aCTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGc < 2:1945459/98‑1 (MQ=255) cTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAg < 1:2612126/84‑1 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1:523834‑M1/150‑1 (MQ=255) ctggccaagcctggcgcatggccagggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCacgc > 1:2740760‑M2/31‑150 (MQ=255) CTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCacgc < 1:2963711‑M1/150‑1 (MQ=255) CTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAAAACGCTAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCacgc < 2:593649‑M1/150‑1 (MQ=255) TGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCGAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTCCGCGAAGCCGCATCATGCGCacgcg < 1:615428‑M1/150‑1 (MQ=255) GGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCacgcga > 1:2232017‑M1/1‑150 (MQ=255) CATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGt > 1:206820‑M1/1‑107 (MQ=255) CATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGt < 2:206820‑M1/107‑1 (MQ=255) CATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTcc < 1:197352‑M1/110‑1 (MQ=255) CATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTcc > 2:197352‑M1/1‑110 (MQ=255) ATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCacgcgacgcg < 2:53778‑M1/150‑1 (MQ=255) gcCAGGCTTGGCCTGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTCCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTCACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCAACGCGGACa > 2:832435/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCGGCATCATGCGCACGCGACGCgggaa < 2:118947/150‑3 (MQ=255) ccAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCAc > 2:2726101/1‑150 (MQ=255) tagccagcgcgaACGAACGAGGTGTTGTTCGAGCCCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCTCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATTATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAg < 2:592591‑M2/138‑1 (MQ=255) gccagggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCa < 1:2139713‑M2/140‑1 (MQ=255) cagggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAgg > 2:3054252‑M2/9‑150 (MQ=255) cagggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAgg > 1:1125225‑M2/9‑150 (MQ=255) cagggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAgg > 1:455478‑M2/9‑150 (MQ=255) ggcgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAGGCCg > 1:2543927‑M2/6‑150 (MQ=255) cgaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAGGCCGCt < 2:1908561‑M2/147‑1 (MQ=255) gaACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAGGCCGCTg < 1:1434763‑M2/148‑1 (MQ=255) | CGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCACCAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATGCGCACGCGACGCGGGCACCTTCGAGCAGGCCGCTG > NC_002947/5981343‑5981638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |