| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,761,357 | T→A | 6.0% | L118Q (CTG→CAG) | gpmI → | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,761,357 | 0 | T | A | 6.0% | 416.2 / 15.1 | 133 | L118Q (CTG→CAG) | gpmI | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/55); new base A (4/4); total (74/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TATGAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAAC > NC_002947/5761208‑5761506 | tatGAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGAct > 2:201760/1‑150 (MQ=255) atGAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGActg < 1:516253/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTcc > 2:2593116/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtg < 1:1946723/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 2:2289829/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 1:1229675/150‑1 (MQ=255) tCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGCCTGCTGTCCGATGGTGgtgt > 1:433964/1‑150 (MQ=255) gcgTCGTGTATGAAGAATTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTTGAAAACCAAGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTac > 2:910219/1‑150 (MQ=255) tcgtGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTAcaca > 1:1532501/1‑150 (MQ=255) tATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccac < 2:2440612/150‑1 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccacca > 2:2850567/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCATCGGACAGCAGTCCGagga < 1:1279157/132‑4 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCATCGGACAGCAGTCCGagga > 2:1279157/1‑129 (MQ=255) cAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAg < 1:2850567/150‑1 (MQ=255) ggACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGa > 2:1829123/1‑150 (MQ=255) ggACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGATGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGa > 1:713254/1‑150 (MQ=255) cTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCa > 1:1032084/1‑150 (MQ=255) ttCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCAc > 2:1478582/1‑150 (MQ=255) 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cGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAgcgc < 1:3013651/150‑1 (MQ=255) acaTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAgt < 1:2448042/150‑1 (MQ=255) tCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAgtcgt < 2:2262626/150‑1 (MQ=255) cTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTcc > 1:1995165/1‑150 (MQ=255) tCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCa > 2:1740599/1‑150 (MQ=255) tCGGACTGCTATCCCGTGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTTGCGCTGAAAAGATCTCCCTGCACGCCTTCCTCGACGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCATTCGTccc > 2:1293182/1‑149 (MQ=255) gACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCcgc > 2:986457/1‑116 (MQ=255) gACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCcgc < 1:986457/116‑1 (MQ=255) ctgctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGATGTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGaa < 1:811370/150‑1 (MQ=255) ctgctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGaa < 1:864612/150‑1 (MQ=255) tgctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAAc > 2:48313/1‑150 (MQ=255) | TATGAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAAC > NC_002947/5761208‑5761506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |