Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,790,199 | A→T | 5.0% | intergenic (+22/+46) | ynfM → / ← PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,790,199 | 0 | A | T | 5.0% | 473.0 / 10.7 | 158 | intergenic (+22/+46) | ynfM/PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/81); new base T (4/4); total (72/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TACGGCGGGCGGGGTGTTCTGG‑CACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGT > NC_002947/5790051‑5790344 | tACGGCGGGCGGGGTGTTCTGG‑CACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAc < 2:1085222/150‑1 (MQ=255) gggcgggGTGTTCTGG‑CACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACaa > 2:110609/1‑150 (MQ=255) ggcgggGTGTTCTGG‑CACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAAc < 2:918033/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCAc > 1:789970/1‑144 (MQ=255) aaCGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGCGCTGGCGTTACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCgagatcg > 1:2520703/1‑144 (MQ=255) aaCGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccac > 1:626717/1‑104 (MQ=255) gtgATGCATTCGTGGGCAGGCCCGCCT‑TTACATCCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAcc < 1:2307375/150‑1 (MQ=255) aTGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGc < 1:482136/120‑1 (MQ=255) tGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtctc > 1:1547401/1‑82 (MQ=255) gCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTTTGGGAGCGGGTGTCACCACGAAGAGGCCACCAGACGGCCTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGt < 1:54644/150‑1 (MQ=255) gCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGt > 1:206749/1‑150 (MQ=255) ctcttCGTGGTCACACCCGCTC‑CCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGCGCAGCTTCCCCTTGGt > 1:2742404/4‑150 (MQ=21) tcttCGTGGTCACACCCGCTC‑CCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTc > 2:2034088/3‑150 (MQ=25) aTTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTc > 2:1542134/1‑121 (MQ=255) tCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTg < 2:443591/150‑1 (MQ=255) gTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtg > 1:374367/1‑67 (MQ=255) gggCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGt < 1:126761/150‑1 (MQ=255) gCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACg > 2:2442387/1‑150 (MQ=255) cccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGCTCAGTTGAGGACCGCGAGAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACgg < 1:1897637/150‑1 (MQ=255) ccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAAc > 1:2231578/1‑110 (MQ=255) ccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAAc < 2:2231578/110‑1 (MQ=255) ccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGt < 2:1949209/119‑1 (MQ=255) ccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAc > 2:2080480/1‑128 (MQ=255) ccGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGgt > 1:709655/1‑150 (MQ=255) cGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAcc < 2:1327775/128‑1 (MQ=255) cGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAcc > 1:1327775/1‑128 (MQ=255) | TACGGCGGGCGGGGTGTTCTGG‑CACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAC‑CCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGT > NC_002947/5790051‑5790344 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |