| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 474,199 | G→C | 8.5% | I263M (ATC→ATG) | dnaG ← | DNA primase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 474,199 | 0 | G | C | 8.5% | 399.4 / 23.0 | 131 | I263M (ATC→ATG) | dnaG | DNA primase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/62); new base C (6/5); total (63/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CCGTCAAAACAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCGATGATGCGCCC > NC_002947/474053‑474345 | ccGTCAAAACAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGAtc > 2:3064377/1‑150 (MQ=255) cGTCAAAACAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGAtc‑t > 1:2431013/1‑150 (MQ=255) aaaaCAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑tcgtc > 1:2402502/1‑150 (MQ=255) aaaaCAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑tcgtc < 1:911375/150‑1 (MQ=255) cagaacagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATTATC‑TCGTCGAgg < 1:660803/150‑1 (MQ=255) agaaacgCACGCGGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGt > 2:1654023/7‑150 (MQ=255) aacagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTg < 1:1998346/150‑1 (MQ=255) aacagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTg > 2:469467/1‑150 (MQ=255) aacagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGA‑GATCATCGTCGTCGa < 2:2168046/145‑1 (MQ=255) cagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCg < 1:2032609/150‑1 (MQ=255) cagCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCg < 1:539327/150‑1 (MQ=255) cACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGtt < 1:1074288/150‑1 (MQ=255) cACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGtt < 2:1221934/150‑1 (MQ=255) tGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATTACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCt > 1:896609/1‑150 (MQ=255) cacGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTgcgcgc > 2:1285471/1‑150 (MQ=255) cacGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTgcgcgc > 1:1245424/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGc < 1:2086306/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGA‑GATCATCGTCGTCGAgg < 1:504224/120‑1 (MQ=255) 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cTCGACGA‑GATCATCGTCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAg < 1:307596/105‑1 (MQ=255) tCGACGA‑GATCATCGTCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTtgtg > 2:2041122/1‑77 (MQ=37) tCGACGA‑GATCATCGTCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCgatg > 2:18854/1‑150 (MQ=255) acgacgaTGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCGatgatg > 1:423145/1‑150 (MQ=255) acgacgaTGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGCGAGTTCAGGTACTTCGGATTGTCCTCGCCGATGACCCGGCCACCGAAGGCGatgatg < 2:507261/150‑1 (MQ=255) cgacgaTGATC‑TCGGCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCGATGATgc < 1:2527309/150‑1 (MQ=255) acgaTGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCGATGATgcgc < 2:423145/150‑1 (MQ=255) gatgatC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCgg > 2:2114290/1‑87 (MQ=255) gatgatC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCgg < 1:2114290/87‑1 (MQ=255) gatgatC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGAGAGACCGGGGTTGTTGGCGTGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACAGAAGGCGATGATGCGccc > 1:2519674/1‑150 (MQ=255) | CCGTCAAAACAGAACAGCACGCTGGGCACCACGCGGAACAGGCGCTTGAGGTGCTCTTCGCTGGTGGCGGTGCCAAGGGTGGCCACGGCATTGCGCAGGCCTTGCTGGGCCAGGGCAATGACGTCCATGTAGCCCTCGACGACGATGATC‑TCGTCGAGGTTGCGGTTGTGCTTGCGCGCCTCGTACAGCCCGTACAGCTCCTGCCCCTTGTGGAAAACCGGGGTTTCCGGGGAGTTCAGGTACTTGGGCTTGTCGTCGCCGAGCACCCGGCCACCGAAGGCGATGATGCGCCC > NC_002947/474053‑474345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |