| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,951,040 | C→A | 5.0% | R658L (CGT→CTT) | ppk ← | polyphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,951,040 | 0 | C | A | 5.0% | 450.5 / 6.3 | 139 | R658L (CGT→CTT) | ppk | polyphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/66); new base A (4/3); total (70/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCC > NC_002947/5950893‑5951189 | ttCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGc < 2:1385122/150‑1 (MQ=255) tCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCt > 1:1788774/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTc > 1:2457705/1‑150 (MQ=255) 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cTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGa > 2:933168/1‑150 (MQ=255) ttCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCTAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCATTTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAATCGGCCAATGATCGa > 2:501876/1‑139 (MQ=255) ttCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCTAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCATTTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGa < 1:501876/139‑1 (MQ=255) cACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCAGCTAGTCGATCCTGGACAGGTAGATCTGCGCTTCATCGCCA‑TGGAGAAAATAGAACACAAGAGGGTGCTCGAGTAACTCGCAAATGATCCAGCGGAACTGGagctt > 2:491493/1‑146 (MQ=255) aCCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGCCAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACAcc > 1:604969/1‑102 (MQ=255) aCCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACAcc < 2:604969/102‑1 (MQ=255) ccGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGAtgttgt < 1:298566/150‑1 (MQ=255) cGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTtgtg > 1:66807/1‑150 (MQ=255) gggAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGc < 2:66807/150‑1 (MQ=255) gggAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGc < 1:2696050/150‑1 (MQ=255) gggAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTACATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGc > 1:2621476/1‑150 (MQ=255) caacctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAAccc > 1:2016286/5‑150 (MQ=255) ggTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAAcccc < 1:393517/150‑1 (MQ=255) aacctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGCGCGAAAcccc > 1:2756412/4‑150 (MQ=255) gTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACAccc < 2:148158/91‑1 (MQ=255) gTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAAccccc < 1:931091/150‑1 (MQ=255) acctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGAt < 1:2829005/132‑1 (MQ=255) cctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCg > 2:2616718/2‑150 (MQ=255) cGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCCCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTATAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGaa < 2:1270399/150‑1 (MQ=255) cGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGccc < 2:2392476/150‑1 (MQ=255) | TTCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCC > NC_002947/5950893‑5951189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |