| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,951,043 | T→G | 5.9% | K657T (AAG→ACG) | ppk ← | polyphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,951,043 | 0 | T | G | 5.9% | 393.8 / 9.7 | 140 | K657T (AAG→ACG) | ppk | polyphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/65); new base G (5/4); total (70/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCCGG > NC_002947/5950894‑5951191 | gTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTc > 1:2457705/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGa < 2:1053464/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAg < 1:2829802/150‑1 (MQ=255) cGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGt > 2:2564311/1‑150 (MQ=255) gTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGtt < 2:1733254/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGtt > 1:1733254/1‑149 (MQ=255) gTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGCCTCGACAAGCGTGTCGAgacct < 2:2240448/150‑5 (MQ=255) gTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTGCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTg < 1:570930/150‑1 (MQ=255) 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ggTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAAcccc < 1:393517/150‑1 (MQ=255) aacctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGCGCGAAAcccc > 1:2756412/4‑150 (MQ=255) gTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACAccc < 2:148158/91‑1 (MQ=255) gTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAAccccc < 1:931091/150‑1 (MQ=255) acctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGAt < 1:2829005/132‑1 (MQ=255) cctcGACAAGCGTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCg > 2:2616718/2‑150 (MQ=255) cGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGccc < 2:2392476/150‑1 (MQ=255) gCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAAt > 2:708823/1‑106 (MQ=255) gCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAAt < 1:708823/106‑1 (MQ=255) gCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCCg > 1:1732245/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCCgg < 2:3066952/150‑1 (MQ=255) | TCTGGTTGCCGGTCGGGGTGCTGCGCACGTAGCGCCCGTCTGGCTGCAAGGTCCAGGCGTGGGTATTGTCGGTCAGGTAGCCTTCCAGCTCCTTCTTCACCCGCAGCAACAGTTTCTTGCCTTCCACCGGGAAGCAGGTCTCGACACGCTTGTCGAGGTTGCGCTCCATCCAGTCGGCGCTGGACAGGTAGATCTGCTCTTCGCCGCCA‑TTGAGGAAGTAGAACACCCGCGTGTGCTCGAGGAAGCGGCCAATGATCGAGCGCACCTGGATGTTGTGCGAAACCCCCGGAATGCCCGG > NC_002947/5950894‑5951191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |