Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,071,939 | C→G | 5.1% | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,071,939 | 0 | C | G | 5.1% | 444.0 / 7.9 | 140 | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/64); new base G (4/4); total (72/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGT > NC_002947/6071792‑6072087 | cAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCaa < 2:956094/150‑1 (MQ=255) tatcggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATTAGTTCTTCGACCTTGAAGGTCg < 1:419651/150‑1 (MQ=255) ggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGAt < 1:784345/150‑1 (MQ=255) 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2:567643/150‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg < 1:1873294/150‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg < 2:2217458/150‑1 (MQ=255) atctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGAc < 2:2774366/132‑1 (MQ=255) atctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGAc > 1:2774366/4‑135 (MQ=255) cttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCt > 2:216841/1‑150 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCaa > 2:2550650/1‑77 (MQ=255) 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CAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGT > NC_002947/6071792‑6072087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |