| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,098,441 | G→A | 12.0% | T235I (ACC→ATC) | PP_5350 ← | RpiR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,098,441 | 0 | G | A | 12.0% | 259.4 / 21.6 | 100 | T235I (ACC→ATC) | PP_5350 | RpiR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/52); new base A (5/7); total (41/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTCCTTGGAACGGC > NC_002947/6098293‑6098588 | gtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGgt < 1:890790‑M1/119‑1 (MQ=255)gtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGgt > 1:1311892‑M1/32‑150 (MQ=255) cggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGATCCCTAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGgtgt > 1:1441766‑M1/30‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) caccaGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGGCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGtt < 2:2164930/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCa < 2:3047659/150‑1 (MQ=255) ggCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAggg < 1:2828392/107‑1 (MQ=255) ggCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAggg > 2:2828392/1‑107 (MQ=255) ggCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTgg < 2:2265937/143‑1 (MQ=255) ggCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTgg > 1:2265937/1‑143 (MQ=255) cAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATca < 2:2140498/150‑1 (MQ=255) aaTACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGCTCACCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATcag > 1:1597346/1‑150 (MQ=255) aaTACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAgc < 2:870691/82‑1 (MQ=255) aaTACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAgc > 1:870691/1‑82 (MQ=255) gcgAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCACCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGt < 2:1597346/150‑1 (MQ=255) cgAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTc < 2:890790/150‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTcc > 1:679607/1‑150 (MQ=255) gAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTcc < 1:579240/150‑1 (MQ=255) aGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTCCTTGGaa < 2:2676870/150‑1 (MQ=255) gTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGTGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTa < 2:1159869/92‑1 (MQ=255) gTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGTGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTa > 1:1159869/1‑92 (MQ=255) gggTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCGGCTCTCACGGACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTCCTTGGAACGGc < 2:2161742/150‑1 (MQ=255) gggTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGAGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTCCTTGGAACGGc < 2:759903/150‑1 (MQ=255) | CTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATCGCCAGGTTGACCGTCGATAGCTCGGCCAGCGGCGTCTGGCTGGGGCACAGGGTAATCAGGTTGGCGCCGCTCTCACGCACCAGGTTGGCAGTGATCAGCAGGTCCTTGGAACGGC > NC_002947/6098293‑6098588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |