Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,125,923 | A→C | 5.7% | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,125,923 | 0 | A | C | 5.7% | 398.8 / 14.8 | 140 | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/64); new base C (4/4); total (72/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.87e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTGG > NC_002947/6125774‑6126072 | cATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCa > 1:923292/1‑150 (MQ=255) ctGCGCTCGATACTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGCGGTGGACATTCTTGCCGTGGTGGTTCGCGCCTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACAGGGCTGAGCCAg < 2:198035/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGTGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAg > 1:854543/1‑148 (MQ=255) 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1:432032/1‑150 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGt > 1:584381/1‑62 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGt < 2:584381/62‑1 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTc > 1:1093220/1‑107 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGcc < 2:2818631/124‑1 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGcc > 1:2818631/1‑124 (MQ=255) acCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCg > 2:1303621/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCggt < 2:584175/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCggtg < 1:993700/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGAGCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGTCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGCATGGAATATGCTGTTGTCggcg < 2:1283773/150‑3 (MQ=255) cTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCACGTCAGGCCGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGAAAAATAATGTTGTCggggggg < 2:2805084/150‑3 (MQ=255) tGAGCCAGGTGTTTGCCCTGCCCATCAGCGTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTCTTGTCGGTGGTGc < 2:677612/150‑1 (MQ=255) aGCCCGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAatat > 1:135932/1‑131 (MQ=255) ccAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtggt > 2:3005695/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATCAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGATGGTGCcggt > 1:2186176/1‑150 (MQ=255) cAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCg > 2:1482895/1‑78 (MQ=255) aGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtggtgg > 1:966833/1‑150 (MQ=255) | CATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTGG > NC_002947/6125774‑6126072 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |