| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 536,282 | C→T | 9.1% | noncoding (179/190 nt) | PP_mr06 ← | P27 ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 536,282 | 0 | C | T | 9.1% | 295.3 / 16.6 | 110 | noncoding (179/190 nt) | PP_mr06 | P27 ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/49); new base T (5/5); total (56/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTTGAAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCA > NC_002947/536133‑536431 | gTTGAAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGAcc > 1:1078209/1‑150 (MQ=255)gTTGAAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGAcc > 1:2918482/1‑150 (MQ=255) aaGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTc > 2:1068317/1‑150 (MQ=255) cccTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTcgcg > 1:2793549/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGCTGACTTAAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCTAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACTGGTCgcgc < 2:636130/150‑1 (MQ=255) cTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAGCGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgcc > 1:662935/1‑150 (MQ=255) tGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACACGGCGGCGCGACTGGTCGCGCCGCCatgtt < 1:2747433/150‑5 (MQ=255) tGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAAtt < 2:473407/150‑1 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCaa > 2:620082/1‑144 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCaa < 1:620082/144‑1 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTg < 2:1999273/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg < 2:2918482/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACCTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTAATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg < 1:1707346/150‑1 (MQ=255) aGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTggg < 1:1068317/150‑1 (MQ=255) gTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTc > 1:480214/1‑150 (MQ=255) tATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTcc > 1:1953591/1‑150 (MQ=255) caTCAAGTCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTGAGCGCGTTGCCCCTAGCACCACCAGGGACCCAGGTCTGGGCATGGATCAGAGCTCTCTGCACAGGTCAAAACATGTCGGCTCTTCCAGTCGCGCCGGCAGCAAAAATTAGGGAcc < 2:357682/149‑1 (MQ=255) aTCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTATGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTccc < 2:2456749/150‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCTCCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgccgc < 2:73637/129‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgccgc > 1:73637/1‑129 (MQ=255) aaGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGAGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGGCcctgc < 2:1822834/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCcctgcctg > 1:2077463/1‑150 (MQ=255) gCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCg > 2:2964734/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg < 2:2197102/133‑1 (MQ=255) ttCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg > 1:2197102/1‑133 (MQ=255) ttCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCggg > 2:2769330/1‑150 (MQ=255) tCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCgggg < 2:1078209/150‑1 (MQ=255) ccTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCggggg < 2:1840187/150‑1 (MQ=255) gTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTggg < 2:2442655/123‑1 (MQ=255) aTCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAAAACATGGCGGCGAGACCAATCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCGGTGCCTGGCAGGGGCTATCCAAGaa > 1:1340778/1‑149 (MQ=255) tACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCCGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGt > 1:2986188/1‑150 (MQ=255) aCGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATc < 1:2396543/140‑1 (MQ=255) aCGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATc > 2:2396543/1‑140 (MQ=255) gTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAgg > 2:1279516/1‑150 (MQ=255) cccTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGTCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTggg > 1:1750399/1‑102 (MQ=255) cccTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCgg < 1:2845275/117‑1 (MQ=255) cccTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCgg > 2:2845275/1‑117 (MQ=255) ccTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTa > 1:2276548/1‑150 (MQ=255) cTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTaa < 2:1791800/150‑1 (MQ=255) tGAGCACCACCATGGTCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTaaa > 2:2204665/1‑150 (MQ=255) tGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGa < 1:1614332/127‑1 (MQ=255) tGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGa > 2:1614332/1‑127 (MQ=255) tGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCCGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTaaa < 2:2986188/150‑1 (MQ=255) gCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACa < 1:2769330/150‑1 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCaatc > 1:1399961/1‑136 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGc < 2:1399961/138‑1 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCa < 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ccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGcc > 1:1662199/1‑150 (MQ=255) aTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAACACTTAAAACCTCAGCCCa > 2:173757/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGcc < 1:2809773/144‑1 (MQ=255) ccAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg > 2:776526/1‑81 (MQ=255) gtgTCTGGTCATCGATCAGCGCTCGCTGAACGTCTAAGAACATGGCGGCGCCACCAGTCGCGCCGGCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCGGCCCTCGCAGATg < 2:1733571/148‑1 (MQ=255) gTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGcc < 2:588848/133‑1 (MQ=255) 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ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAAt > 1:640862/1‑127 (MQ=255) ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAAt < 2:640862/127‑1 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCTGATTCGGTAACGAATcgggag > 1:2323413/1‑128 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCTGATTCGGTAACGAATcgggag < 2:2323413/133‑6 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCgga < 2:1214948/150‑2 (MQ=255) gcgcGACTGGTCGCGCCGCCGGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGcc > 2:1094315/1‑150 (MQ=255) 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cAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCa > 1:1007744/1‑150 (MQ=255) | GTTGAAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCA > NC_002947/536133‑536431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |