| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 536,283 | A→G | 9.0% | noncoding (178/190 nt) | PP_mr06 ← | P27 ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 536,283 | 0 | A | G | 9.0% | 312.1 / 14.2 | 113 | noncoding (178/190 nt) | PP_mr06 | P27 ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/50); new base G (5/5); total (57/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCA > NC_002947/536137‑536431 | aaGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTc > 2:1068317/1‑150 (MQ=255) cccTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTcgcg > 1:2793549/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGCTGACTTAAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCTAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACTGGTCgcgc < 2:636130/150‑1 (MQ=255) cTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAGCGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgcc > 1:662935/1‑150 (MQ=255) tGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACACGGCGGCGCGACTGGTCGCGCCGCCatgtt < 1:2747433/150‑5 (MQ=255) tGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAAtt < 2:473407/150‑1 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCaa > 2:620082/1‑144 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCaa < 1:620082/144‑1 (MQ=255) gAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTg < 2:1999273/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg < 2:2918482/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACCTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTAATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTgg < 1:1707346/150‑1 (MQ=255) aGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTggg < 1:1068317/150‑1 (MQ=255) gTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTc > 1:480214/1‑150 (MQ=255) tATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTcc > 1:1953591/1‑150 (MQ=255) caTCAAGTCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTGAGCGCGTTGCCCCTAGCACCACCAGGGACCCAGGTCTGGGCATGGATCAGAGCTCTCTGCACAGGTCAAAACATGTCGGCTCTTCCAGTCGCGCCGGCAGCAAAAATTAGGGAcc < 2:357682/149‑1 (MQ=255) aTCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTccc > 1:1791800/1‑150 (MQ=255) aTCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTATGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTccc < 2:2456749/150‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCTCCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgccgc < 2:73637/129‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGcgccgc > 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tGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCCGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTaaa < 2:2986188/150‑1 (MQ=255) gCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACa < 1:2769330/150‑1 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCaatc > 1:1399961/1‑136 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCa < 2:2276548/150‑1 (MQ=255) ccaccaTGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGAGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCa < 2:2411610/150‑1 (MQ=255) 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1:2645175/1‑150 (MQ=255) gtgtAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACAcc > 2:2073019/1‑150 (MQ=255) gtAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGAtt < 1:3003962/129‑1 (MQ=255) aaGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCgaaa < 1:1742707/150‑1 (MQ=255) aGAACCTGGGGGCGCTACCTGTCGCGCCGCTAGGATAAATTCGGGTCCCTGCATGGCGGTGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACTCAGATGGTGCTCCCAAGTCGTTACCGAATCAGACAACaaaat < 2:1340778/150‑2 (MQ=255) aGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAAc < 2:2309936/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATc > 2:568598/1‑150 (MQ=255) gcgcggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGTTTCCCCTGCCTGTCGGGGTCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGATTCAGACACCAAAACGACATc < 2:480214/148‑1 (MQ=255) gcggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCg < 1:1772587/150‑1 (MQ=255) cggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCgg > 1:356469/1‑50 (MQ=25) cggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCgg < 2:356469/50‑1 (MQ=25) ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGaa < 1:2302443/126‑1 (MQ=255) ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGaa > 2:2302443/1‑126 (MQ=255) ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAAt > 1:640862/1‑127 (MQ=255) ggcgCGACTGGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAAt < 2:640862/127‑1 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCTGATTCGGTAACGAATcgggag < 2:2323413/133‑6 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCTGATTCGGTAACGAATcgggag > 1:2323413/1‑128 (MQ=255) ggcgCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCgga < 2:1214948/150‑2 (MQ=255) gcgcGACTGGTCGCGCCGCCGGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGcc > 2:1094315/1‑150 (MQ=255) gcgcGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTa > 1:306139/1‑54 (MQ=255) gcgcGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTa < 2:306139/54‑1 (MQ=255) gcgcGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGcc > 2:2113034/1‑150 (MQ=255) gcgACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTc > 1:98615/1‑150 (MQ=255) aCCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGc > 2:2995427/1‑150 (MQ=255) cAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCa < 2:580703/150‑1 (MQ=255) cAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCa < 1:2113034/150‑1 (MQ=255) cAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCa > 1:1007744/1‑150 (MQ=255) | AAGCCCTGATCGCTGACCTGAAGCGTATCAAGCCAGCTTCCTCGAAAGGTATCTACGTTAAGCGCGTTACCCTGAGCACCACCATGGGCCCAGGTCTGGTCATCGATCAGAGCTCGCTGAACGTGTAAGAACATGGCGGCGCGACCAGTCGCGCCGCCAGCAAAAATTGGGGTCCCTGCCTGGCGGGGGCTATCCAAGACCGTAGGCGGCGCAAGCCTTAAAACATCAGCCCACGCAGATGGTGCTCCCGATTCGTTACCGAATCAGACACCAAAACGACATCCGGCCTCGGCCA > NC_002947/536137‑536431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |