| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 693,593 | C→G | 5.4% | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 693,593 | 0 | C | G | 5.4% | 472.0 / 14.6 | 147 | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/74); new base G (4/4); total (69/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GTCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAAA > NC_002947/693445‑693742 | gtcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGcc > 2:1134821/1‑150 (MQ=255) tcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCg > 2:2293161/1‑150 (MQ=255) tcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCg > 2:1744793/1‑150 (MQ=255) tcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGAGCGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCg > 1:69783/1‑150 (MQ=255) cTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGt > 1:1074598/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTGGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCGGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCt > 2:862379/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCt > 1:546532/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCt > 1:547672/1‑150 (MQ=255) 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ctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGAc > 1:2701598/1‑150 (MQ=255) tcgtcgGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGGCGAGCCCGCCGTGCTCGACcggg > 1:824723/1‑150 (MQ=255) tcgGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctggctg > 1:467582/1‑150 (MQ=255) cgGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctggctgg < 1:178471/150‑1 (MQ=255) cGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTggggg < 2:941911/150‑1 (MQ=255) 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gCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGGCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGt < 1:2026935/150‑1 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATgg > 1:3018709/1‑110 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGc > 1:2895303/1‑128 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCa < 2:2701598/150‑1 (MQ=255) aCGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAgg < 1:2803167/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCATGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAgg > 2:2277476/1‑127 (MQ=255) cAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGAt < 2:144958/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGt < 1:324359/135‑1 (MQ=255) ggCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGt > 2:324359/1‑135 (MQ=255) gCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGcc < 1:2603102/91‑1 (MQ=255) ccGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGc > 2:2933672/1‑150 (MQ=255) ggTCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCa > 1:1427016/2‑114 (MQ=255) cGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGa < 2:2004103/36‑1 (MQ=255) cGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCt > 1:739530/1‑150 (MQ=255) cACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCcgcg > 2:2661494/1‑150 (MQ=255) | GTCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGT‑GGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAAA > NC_002947/693445‑693742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |