| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 697,217 | T→C | 10.4% | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 697,217 | 0 | T | C | 10.4% | 219.0 / 11.8 | 85 | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base C (6/3); total (46/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
AAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCC > NC_002947/697080‑697365 | aaGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACGACAGTTTCAGCGCCTGTGAGACCGAGcgccgcgc > 1:12252/1‑148 (MQ=21) gATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGCGGGCGTTGGATCTTCAGGCG‑CCCCGCTATAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgcg > 1:1134966/1‑150 (MQ=21) aGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCt < 1:975320/150‑1 (MQ=255) gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGcgcc > 2:2246166/1‑135 (MQ=255) gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGcgcc < 1:2246166/135‑1 (MQ=255) cGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCg > 1:1016424/1‑150 (MQ=255) ggggAGGCCGTCGGGCCTCGCCGCGTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTGGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg < 2:1134966/150‑1 (MQ=255) gggAGGCCGTCAGGCCTCGCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGTT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt < 2:1538772/150‑1 (MQ=255) gggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCgat < 2:1016424/150‑3 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTcaca < 1:843211/150‑1 (MQ=255) cGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCTCAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAg < 1:782667/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAgg < 1:1102806/150‑1 (MQ=255) aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGCTAGCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc > 1:807280/1‑150 (MQ=255) aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc > 2:909130/1‑150 (MQ=255) gCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCAGTTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTg > 1:2637211/1‑150 (MQ=255) ccTCCCCGCGTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGa < 1:909130/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaaa > 2:2938312/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaaa > 1:2272919/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGa > 1:2052089/1‑108 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt > 1:552392/1‑131 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt < 2:552392/131‑1 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTACCTGTGAGATCGa < 2:2052089/108‑1 (MQ=255) tttGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGt > 1:203303/1‑150 (MQ=255) tttGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGt > 1:1449442/1‑150 (MQ=255) ttGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTg > 2:3071531/1‑150 (MQ=255) tttttGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAAGTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCg > 2:3000666/1‑150 (MQ=255) ggttggttGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgc < 2:1735268/105‑1 (MQ=255) ggttggttGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgc > 1:1735268/1‑105 (MQ=255) ggttggttGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTg < 2:1449442/150‑1 (MQ=255) gttggttgTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGACAACGTTGTCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTgg < 1:29687/150‑1 (MQ=37) ttggttgTTACTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCATTGCAGTACCTGTGAGATCGAGCGGAGCCCGCGCGACGCTCGGTCTCACAAGCGCTCAAACTATCGTCGCGAACACTTGGc > 2:2386889/1‑150 (MQ=25) 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gaggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCttt < 1:135855/150‑1 (MQ=255) aggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCtttt < 1:2052381/150‑1 (MQ=255) gaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGACCACTTGACAGCCCCGATAAGGACTTTTcc > 1:2162485/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTccc > 2:156421/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCt > 2:1166867/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTGGCAGGACCTGTGAGACGGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCGCGGGCGCACAGGCGCTGACACTGCCGTGGCGAACACTTCGCAGCCGCGATGCGGTCGGTTCGCCt > 2:2270732/1‑150 (MQ=18) ttttGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGgcgc < 1:1807156/81‑1 (MQ=255) ttttGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGgcgc > 2:1807156/1‑81 (MQ=255) ttttGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCga < 2:1127326/85‑2 (MQ=17) ttttGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCga > 1:1127326/1‑84 (MQ=17) ttGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTatat < 1:2938312/150‑1 (MQ=255) ttGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑tt < 2:203303/150‑1 (MQ=255) 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tgtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGtt < 2:1934558/124‑1 (MQ=255) tgtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGtt > 1:1934558/1‑124 (MQ=255) tgtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAAt < 1:288105/150‑1 (MQ=255) agaTCGAGCGCCTCCCGCTCTTCTCTCGTTTTCACAGGCTTTGAAACTGTCGTTGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGTTTGACACCCTTTTGAATCCCCTtatttttcgc < 2:2162485/150‑8 (MQ=14) agaCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATgcgc > 2:996484/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACgg < 2:1909681/78‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACgg > 1:1909681/1‑78 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGccc > 1:2796164/1‑150 (MQ=255) | AAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCT‑GTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTC‑TTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCC > NC_002947/697080‑697365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |