| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 926,438 | C→G | 6.7% | S64T (AGT→ACT) | PP_0805 ← | outer membrane efflux protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 926,438 | 0 | C | G | 6.7% | 252.4 / 6.3 | 87 | S64T (AGT→ACT) | PP_0805 | outer membrane efflux protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/26); new base G (2/4); total (56/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAGGAGCCCGA > NC_002947/926291‑926585 | aTACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTg < 1:3035710/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGc > 1:1210061/1‑150 (MQ=255) cgccgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGa > 2:1634785/1‑150 (MQ=255) gccgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCATGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGAc > 1:2503315/1‑150 (MQ=255) ggAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCgg < 1:1997092/150‑1 (MQ=255) gAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCggg < 1:2702723/150‑1 (MQ=255) aaTCTGTGGGTACTACCACGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAC‑AGGTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTAGGATGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCAGCGGTAAGGTCCAGCCGTTCGCCACTCGCGACCGGGGc > 2:397937/1‑150 (MQ=255) aTCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGcc > 1:1319325/1‑150 (MQ=255) aTCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGGTCGCCAGTGGCGAACggctga < 2:340495/150‑5 (MQ=255) tCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCGTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGACTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTCCGCCACTGGCCAACGGCGCCa > 2:2840873/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCAt < 2:309173/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCAt > 2:1827257/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATg > 1:2818110/1‑150 (MQ=255) gTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAt > 1:268357/1‑150 (MQ=255) aTACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTTCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATggg < 1:370017/150‑1 (MQ=255) tACCCCGCACGGGCGCCGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGGTGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATgggg > 2:1289526/1‑150 (MQ=255) tACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATgggg < 1:2668771/150‑1 (MQ=255) tACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATgggg > 1:899296/1‑150 (MQ=255) ccccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATgggggg > 2:2342120/1‑150 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATggggggg > 1:2902448/1‑150 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTAATGCCTTCCCCCTCCACGTAGA‑GTCAGCCGATGGCCTCAGCGATTCACGTGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTCGCGACCGGGGCCATGCCGAtgggtggg > 2:1274334/1‑150 (MQ=255) ccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggc < 1:388603/150‑1 (MQ=255) cACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCATTAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggcggg < 1:188842/150‑1 (MQ=255) 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1:197865/1‑150 (MQ=255) aTGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCg > 1:2056139/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGCCGTGGTGGTAAA‑GGTGGCCGATGGCTTCAGGGAGTCTGGGGTGCCTTGGCGCTGCCGGAAGACCGGCTTCGGTATGGCTCAGCTTTCCGCCAGTGGCGCCCGGGCCCATCCGGTTGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCggg < 2:588537/150‑1 (MQ=255) cTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggcgggcg > 2:1839582/1‑134 (MQ=255) cTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggcgggcg < 1:1839582/134‑1 (MQ=255) cccctttttGTAAG‑GGTTGCGGAGGGCCTCAGCGGTGCGGGGGCCCCTTTGCGCTGCCTGCACCCCCGGGTGGGTAGGGCTCCGCCTTCCCCCATGGGCGCCGGGGGCCATGCCGGGGGGGGGGGGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATc < 2:2503315/143‑1 (MQ=255) 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tGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATcgcga > 1:2878394/1‑149 (MQ=255) cTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTag > 2:984661/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTagcag > 1:2295199/1‑150 (MQ=255) tAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATg < 1:2721639/108‑1 (MQ=255) tAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATg > 2:2721639/1‑108 (MQ=255) tAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTagcagc > 1:2470140/1‑150 (MQ=255) tAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTagcagc > 1:2274468/1‑150 (MQ=255) aaagggTTGCGGAGGGCCTGGGCGAGGCTGGGGTGCCGTTGCGGGGCCGGCAGCAGCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTGGCCACTGGCGACCGGGGCCAGGCGGAGGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTagcagc < 2:1348562/146‑1 (MQ=255) aaa‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTCCCATTGCGGTGCCTGCAGCCCGGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCCCCACTGGCGCCGGGGGCCATGCCGAGGGGGGGGGGGGGGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCg < 1:984661/150‑1 (MQ=255) aa‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggcggg < 1:500359/116‑1 (MQ=255) aa‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGgggcggg > 2:500359/1‑116 (MQ=255) a‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGGACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGag > 2:1521835/1‑149 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tAAGGCGTAGCCGTTCGCCAGGGGCTCCGGGGGCAATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGt < 1:927687/150‑1 (MQ=255) gggCTCAGCCGTCCGCCACGGGCGCCGGGGGCCAGGCGGATGGGGGGGGGGGGGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTc < 2:2488045/149‑1 (MQ=255) aGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTc > 2:1092237/1‑150 (MQ=255) tCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCTCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAggg > 1:588546/1‑150 (MQ=255) aGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGcc > 1:1504030/1‑150 (MQ=255) aGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGcc > 2:2768159/1‑150 (MQ=255) cccggtCGCCAGTGGCGAACGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGGCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCa > 1:2266127/6‑150 (MQ=255) cGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAgg > 1:1181322/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAGGa > 1:1410613/1‑150 (MQ=255) tCGCCACTGGGCACGGGGGCCCGGCGGAGGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAGGAGc < 2:641132/150‑1 (MQ=255) cACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAGGAGCCCGa > 2:1034794/1‑150 (MQ=255) | ATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAA‑GGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGGGCCAGGAGCCCGA > NC_002947/926291‑926585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |