| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,074,712 | A→T | 5.0% | L50Q (CTG→CAG) | gatA ← | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,074,712 | 0 | A | T | 5.0% | 421.0 / 11.2 | 141 | L50Q (CTG→CAG) | gatA | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/60); new base T (3/4); total (77/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GGGCGCCTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCATG > NC_002947/1074564‑1074861 | gggCGCCTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAg < 1:574591/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAgg < 2:278012/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTTGAAATTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGAGGTGGATCTGAGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAgg > 1:2673741/1‑150 (MQ=255) 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cTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAg > 1:1768226/1‑150 (MQ=255) cTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAg < 2:2180554/150‑1 (MQ=255) cTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACACAGCAGCGCGCTGAGAGCACCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAg > 1:968341/1‑150 (MQ=255) aaGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCTGGGCCAggcgc < 2:2235694/150‑4 (MQ=255) gTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCTGGGCCAggcgcgt < 1:3010696/150‑6 (MQ=255) 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tttGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCcagcag > 1:854897/1‑150 (MQ=255) tttGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCcagcag > 1:2055094/1‑150 (MQ=255) tgtgGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGaa > 1:1008382/1‑106 (MQ=255) tgGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGAt < 2:367463/134‑1 (MQ=255) tgGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGAt > 1:367463/1‑134 (MQ=255) ggCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAggg < 2:2671538/77‑1 (MQ=255) 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ggCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCTGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGAt < 1:2464857/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCg < 1:472069/150‑1 (MQ=255) gcggcACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCgg > 2:2754109/1‑109 (MQ=255) cgaagaccTGGCCCTGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAggg > 2:2568187/7‑150 (MQ=255) cgaagaccTGGCCCTGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAggg > 1:1814868/7‑150 (MQ=255) aCGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTGGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTGGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGCCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGt < 2:2673741/150‑1 (MQ=255) aCGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCgg > 2:2114829/1‑133 (MQ=255) aCGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCgg < 1:2114829/133‑1 (MQ=255) aCGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCTAGGGt > 2:5791/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAAt > 1:2907855/1‑150 (MQ=255) accTGGCCCTGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAgg < 1:6855/143‑1 (MQ=255) accTGGCCCTGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAgg > 2:6855/2‑144 (MQ=255) accTGGCCCTGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAAt < 2:1814868/149‑1 (MQ=255) accTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCa > 2:2817629/2‑91 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCCATTGATGCa > 2:2010884/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCa > 1:1733405/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCa > 2:2179635/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTACGCGGGCGATCGCGGCCAGTGTCAATTGATGCa > 2:2480102/1‑150 (MQ=255) aGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCATg > 2:1285487/1‑150 (MQ=255) aGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCATg > 2:2511802/1‑150 (MQ=255) | GGGCGCCTTGAAGTTGTCGAGCATCTTCGAGCCGCAGCTGGTGCGTACGCCGTTGGTGCAGAACAGGTCTTTGTGGGCGATCGGTGCACCCAGCAGCGCGCTGGTTTCGCCCGCGGCGCGACGGGCATCGGCGGCACGCGCCTGGCCCAGGGCCAGGTCTTCGGTGACGCTGATGAAGCTGTTGATCTGTGGGTCGAGCTGCTTGATGCGCGCCAGCAGGGCGCCGGTCAGCTCTTCGGAAGAAAACGATTTGTCGGCGAGTCCGCGGGCGATCTCGGCCAGGGTCAATTGATGCATG > NC_002947/1074564‑1074861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |