| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,253,435 | G→C | 6.5% | intergenic (‑75/+32) | PP_1096 ← / ← metG | electron transport complex protein/methionine‑‑tRNA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,253,435 | 0 | G | C | 6.5% | 291.5 / 10.0 | 92 | intergenic (‑75/+32) | PP_1096/metG | electron transport complex protein/methionine‑‑tRNA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/39); new base C (3/3); total (50/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
GGAGAGTGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCC > NC_002947/1253286‑1253582 | ggAGGGTGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCggg < 1:1133808/150‑1 (MQ=255) agagTGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCa < 1:916875/150‑1 (MQ=255) agTGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGGAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAgg > 1:3039603/1‑150 (MQ=255) tGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTACTTGTGGGAGCGGGCAGGcc > 2:2984091/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGc < 1:2853413/150‑1 (MQ=255) cTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCt > 1:1316947/1‑150 (MQ=255) tGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTc > 2:1145944/1‑150 (MQ=255) gTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTcc < 1:1145944/150‑1 (MQ=255) gTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGGTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGGCGCTcc > 1:98751/1‑150 (MQ=255) aGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATgg > 2:2993070/1‑150 (MQ=255) gCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCggg < 2:719851/129‑1 (MQ=255) gCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCggg > 1:719851/1‑129 (MQ=255) cacaGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCCGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGccc < 1:851299/150‑1 (MQ=255) acaGGTGATTGATCAGTGCGGCGATGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCg < 1:2568298/150‑1 (MQ=255) aGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCa > 1:1266137/1‑150 (MQ=255) aGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCAGGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGCGGGCCATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAAttacgca < 2:1501934/150‑7 (MQ=25) cctgatCAGCGCCGCACTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCg > 2:2697097/3‑150 (MQ=255) tCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAggg > 2:554983/1‑143 (MQ=255) 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ccgcacTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATg < 1:2697097/145‑1 (MQ=255) cgcTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAAtta < 1:445248/125‑3 (MQ=39) cgcTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAAtta > 2:445248/1‑123 (MQ=39) gcTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGct < 2:2551329/150‑1 (MQ=255) cTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGGAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGctg < 2:3039603/150‑1 (MQ=255) tGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGctgg > 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tAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCt < 2:1233071/150‑1 (MQ=255) tAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCt > 2:1754360/1‑150 (MQ=255) tcattcatGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAg < 2:2341201/86‑1 (MQ=255) tcattcatGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAg > 1:2341201/1‑86 (MQ=255) catGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGc < 1:1027498/150‑1 (MQ=255) atGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATgcg < 2:2177647/120‑1 (MQ=255) atGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATgcg > 1:2177647/1‑120 (MQ=255) agaTGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTcag < 2:1316947/150‑1 (MQ=255) aTGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTcagca > 2:2033935/1‑150 (MQ=255) gACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAgg > 1:422155/1‑150 (MQ=255) gACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAgg < 2:1244003/150‑1 (MQ=255) 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aTGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATg > 2:2522900/1‑150 (MQ=255) tGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGc > 2:3041349/1‑150 (MQ=255) ggggCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGTTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTc < 2:1349905/150‑1 (MQ=255) ggggCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGCCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCCGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTc < 2:223677/150‑1 (MQ=255) gggCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCg < 2:210103/150‑1 (MQ=255) gggCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCg < 1:2993070/150‑1 (MQ=255) gCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCCCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGa < 2:2208069/150‑1 (MQ=255) ccTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGACTTTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGac < 1:920/150‑1 (MQ=255) tGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGacac > 1:1912297/1‑150 (MQ=255) gC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACg > 1:775529/1‑150 (MQ=255) aTTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCaaa < 2:98751/150‑1 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATg < 2:523526/52‑1 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATg > 1:523526/1‑52 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCGGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAgcgc > 1:2756525/1‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAgcgc > 1:2744266/1‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGGTACTTGCTGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCGGGTAGATTTCTTCACAGCCCGGGCCGGCAGCCCTGTCCATGCCTTTGGCCACGCCAAAgcgc > 1:1270811/1‑150 (MQ=255) gggAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCGTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGATCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCa > 1:488007/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATc > 2:529986/1‑150 (MQ=255) gggCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGTGCACGCCAAAGCGCATCTccc > 2:27034/1‑150 (MQ=255) gggCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTcc > 2:1726151/1‑150 (MQ=255) | GGAGAGTGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCC > NC_002947/1253286‑1253582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |