| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,310,136 | A→T | 6.7% | L468Q (CTG→CAG) | PP_1144 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,310,136 | 0 | A | T | 6.7% | 314.3 / 11.7 | 104 | L468Q (CTG→CAG) | PP_1144 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/54); new base T (4/3); total (47/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTGCTGCCATCGTCCGGG > NC_002947/1309989‑1310285 | ccGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGc < 2:2655364/150‑1 (MQ=255) cGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGct > 2:307187/1‑150 (MQ=255) aaaaCGGTCAGGACTGCGCCGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCtcttc < 2:710348/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 1:1792093/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 1:1293455/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 2:465859/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCa < 2:1317459/150‑1 (MQ=255) cGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGtt < 1:2510650/150‑1 (MQ=255) ggCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGc > 2:2314476/1‑150 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAg < 2:1670852/150‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGCAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAg < 1:2224659/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAgg < 2:778861/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAgg < 1:1863314/150‑1 (MQ=255) gCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGa > 1:723772/1‑150 (MQ=255) gCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGa > 1:1226337/1‑150 (MQ=255) ccGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc < 2:2939100/150‑1 (MQ=255) ccGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc < 2:1220064/150‑1 (MQ=255) ccGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc < 1:3072072/150‑1 (MQ=255) 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cACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGt > 1:1091328/1‑125 (MQ=255) cccGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGtt < 1:771823/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTg < 2:2361883/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGt > 2:457288/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGAGCGAGCATTCCGGGTGTCATTTAAGAATTTCAGTCTGTTGCGCCCGTTGTc > 2:2639381/1‑150 (MQ=255) 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acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGa < 2:915938/150‑1 (MQ=255) acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGa > 1:239898/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagc > 1:1459954/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagc > 1:611053/1‑150 (MQ=255) cccGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagcag > 1:1316223/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGtt > 1:1095265/1‑107 (MQ=255) cgcgCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGct > 1:156405/1‑150 (MQ=255) gcTCTTCGAGCAGCGCCATTCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt < 2:2549367/94‑1 (MQ=255) gcTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt > 1:2549367/1‑94 (MQ=255) aagaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTg < 2:292563/103‑1 (MQ=255) aagaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTg > 1:292563/6‑108 (MQ=255) ctTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGACCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCgg < 2:315010/150‑1 (MQ=255) ttCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGt > 2:1672938/1‑68 (MQ=255) ttCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGt < 1:1672938/68‑1 (MQ=255) gaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt < 1:1559643/102‑1 (MQ=255) gaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:1559643/4‑105 (MQ=255) agAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:293945/2‑103 (MQ=255) agAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt < 1:293945/102‑1 (MQ=255) gAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGAGGCTCTTGAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCtgt > 1:219254/1‑150 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGATGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:2026678/1‑102 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGATGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt < 1:2026678/102‑1 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCt > 1:817005/1‑131 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCt < 2:817005/131‑1 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCtgt > 2:175133/1‑150 (MQ=255) agcagcGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCtgtg < 1:2508425/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCACGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTGCTGCCATCGTc > 1:1838268/1‑150 (MQ=255) gcAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTGCTGCCATCGTCCg < 1:175133/150‑1 (MQ=255) aGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGATCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTGCTGCCATCGTCCggg > 2:1233761/1‑150 (MQ=255) aGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTATAggg > 2:1394482/1‑100 (MQ=255) aGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTATAggg < 1:1394482/100‑1 (MQ=255) aGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCAt < 1:758208/112‑1 (MQ=255) aGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCAt > 2:758208/1‑112 (MQ=255) | CCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTGCTGCCATCGTCCGGG > NC_002947/1309989‑1310285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |